146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1927 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1927  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 165 aa  331  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000483446  hitchhiker  0.0000000000012349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2326  universal stress protein  98.18 
 
 		 165 aa  325  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341198  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3444  UspA domain-containing protein  98.18 
 
 		 165 aa  325  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150899  hitchhiker  0.00194101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1767  UspA domain-containing protein  93.33 
 
 		 165 aa  313  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000240026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4004  hypothetical protein  75.61 
 
 		 167 aa  249  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.209434  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2547  UspA domain-containing protein  68.71 
 
 		 166 aa  228  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.903802  hitchhiker  0.00000022804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3555  universal stress protein family protein  63.8 
 
 		 165 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41880  universal stress protein  63.19 
 
 		 165 aa  217  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2278  universal stress protein family  64.97 
 
 		 167 aa  210  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000472572  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2076  hypothetical protein  64.97 
 
 		 164 aa  208  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.969502  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  28.03 
 
 		 161 aa  84.3  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1831  putative universal stress protein  33.74 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1348  UspA domain protein  31.41 
 
 		 157 aa  77  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3274  UspA domain-containing protein  28.21 
 
 		 160 aa  75.5  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0533854 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0818  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 151 aa  67.8  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.128659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1199  Bile acid:sodium symporter  29.81 
 
 		 515 aa  66.6  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3344  UspA domain protein  30.32 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.225845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  32.24 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3185  UspA domain-containing protein  27.06 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1774  universal stress protein  28.21 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  27.16 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  28.66 
 
 		 151 aa  53.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2643  universal stress protein UspA-like protein  25.29 
 
 		 168 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795343  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  27.63 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0589  universal stress protein  25.83 
 
 		 140 aa  51.2  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.558284  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  28.85 
 
 		 145 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  29.9 
 
 		 141 aa  51.2  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  27.1 
 
 		 142 aa  50.8  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  25.97 
 
 		 155 aa  51.2  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  27.27 
 
 		 149 aa  50.8  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  26.45 
 
 		 153 aa  50.8  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3081  UspA domain-containing protein  21.43 
 
 		 177 aa  50.4  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110686  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  26.58 
 
 		 143 aa  50.4  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  29.03 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1454  universal stress protein  25.32 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000316755  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2084  UspA domain protein  26.38 
 
 		 140 aa  48.9  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  30.13 
 
 		 153 aa  48.5  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  26.45 
 
 		 159 aa  48.5  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  29.22 
 
 		 143 aa  48.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27981  universal stress protein  43.64 
 
 		 127 aa  48.1  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0095  UspA domain-containing protein  34.45 
 
 		 157 aa  47.8  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1589  UspA domain-containing protein  24.03 
 
 		 140 aa  47.4  0.00008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.000251397  normal  0.0131871 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  29.09 
 
 		 294 aa  47  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  30.13 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  24.53 
 
 		 290 aa  46.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3774  UspA domain-containing protein  30.6 
 
 		 317 aa  47  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.143188  normal  0.471237 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1230  UspA domain-containing protein  25.33 
 
 		 137 aa  47.4  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  28.85 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  26.45 
 
 		 158 aa  45.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0762  UspA domain protein  24.68 
 
 		 146 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4348  UspA domain protein  27.1 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0947911  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  29.75 
 
 		 300 aa  46.6  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1196  UspA domain-containing protein  30.13 
 
 		 142 aa  46.6  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.196709  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0337  UspA domain-containing protein  25.33 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  21.29 
 
 		 283 aa  45.8  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1466  UspA domain-containing protein  27.1 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.838968  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  29.19 
 
 		 128 aa  45.8  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  29.52 
 
 		 155 aa  45.8  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  27.92 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0780  UspA domain protein  26.62 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0608906  normal  0.0365188 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  29.79 
 
 		 140 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  30.71 
 
 		 140 aa  45.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  27.39 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  25.32 
 
 		 297 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4083  UspA domain-containing protein  37.1 
 
 		 172 aa  45.4  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.391845  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0070  UspA domain protein  41.82 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0803  UspA domain protein  24.84 
 
 		 212 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  25.88 
 
 		 297 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  25.32 
 
 		 297 aa  45.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  24.84 
 
 		 152 aa  45.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0354  universal stress protein F  25 
 
 		 145 aa  44.7  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3822  UspA domain protein  27.04 
 
 		 159 aa  44.7  0.0006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3565  universal stress protein  25.48 
 
 		 156 aa  44.3  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0986618 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1884  UspA domain-containing protein  23.45 
 
 		 137 aa  44.3  0.0007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  27.92 
 
 		 138 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0758  UspA domain protein  28.17 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5355  UspA domain protein  28.21 
 
 		 148 aa  44.3  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0602  UspA domain-containing protein  29.41 
 
 		 147 aa  43.9  0.0009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.491088  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0912  UspA domain-containing protein  27.82 
 
 		 317 aa  43.9  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363039 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5241  UspA domain protein  23.46 
 
 		 154 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.639442 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2036  universal stress protein (Usp)  25.95 
 
 		 155 aa  43.9  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0771  hypothetical protein  38.18 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.584879  normal  0.0448473 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  22.73 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  26.8 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  22.42 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4616  UspA domain protein  22.22 
 
 		 141 aa  43.9  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0954  UspA domain protein  25.32 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.548739  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0352  UspA domain-containing protein  23.46 
 
 		 159 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818544 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1664  UspA domain-containing protein  27.82 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  24.67 
 
 		 304 aa  43.9  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3164  UspA domain protein  26.71 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  25.17 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  22.88 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  26.14 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0065  UspA domain protein  25 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  30.16 
 
 		 307 aa  43.9  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2102  UspA domain protein  27.92 
 
 		 289 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  28.95 
 
 		 295 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  25.17 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  23.42 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>