123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1779 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  100 
 
 
344 aa  698    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  66.46 
 
 
354 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  65.82 
 
 
347 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  46.94 
 
 
361 aa  246  4.9999999999999997e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  46.3 
 
 
330 aa  240  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  40.52 
 
 
349 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  51.91 
 
 
408 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  50.39 
 
 
536 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  49.25 
 
 
503 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  39.44 
 
 
537 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  50.39 
 
 
568 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  48.06 
 
 
496 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  46.15 
 
 
519 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  47.24 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  44.85 
 
 
588 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  35.97 
 
 
419 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  47.24 
 
 
503 aa  130  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  40.91 
 
 
520 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  40 
 
 
418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  48 
 
 
455 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  43.36 
 
 
575 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  47.58 
 
 
520 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  48.36 
 
 
411 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.9 
 
 
230 aa  97.1  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.55 
 
 
215 aa  86.3  7e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.9 
 
 
292 aa  79  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.09 
 
 
243 aa  71.2  0.00000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.6 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.3 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.14 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.48 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.39 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.62 
 
 
253 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43 
 
 
235 aa  68.9  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.08 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.79 
 
 
211 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38 
 
 
475 aa  65.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.44 
 
 
270 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  36.44 
 
 
264 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.79 
 
 
219 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.24 
 
 
303 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.71 
 
 
187 aa  63.9  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.3 
 
 
144 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.72 
 
 
142 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0817  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.8 
 
 
295 aa  62.8  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000447964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.28 
 
 
142 aa  62.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.02 
 
 
291 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.39 
 
 
251 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.25 
 
 
368 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  35.59 
 
 
269 aa  60.8  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.06 
 
 
294 aa  58.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.83 
 
 
183 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4815  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.1 
 
 
217 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.60436 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.61 
 
 
209 aa  57.8  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.25 
 
 
184 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.41 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.19 
 
 
278 aa  56.6  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2689  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.11 
 
 
278 aa  56.6  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287545  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3020  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.04 
 
 
243 aa  54.3  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000912863  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2219  hypothetical protein  32.69 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0511486  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.14 
 
 
168 aa  53.5  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.36 
 
 
177 aa  53.5  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0318  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.32 
 
 
230 aa  53.1  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000150825  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.62 
 
 
212 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.19 
 
 
374 aa  52.8  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0647  hypothetical protein  37.39 
 
 
180 aa  52.4  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.97 
 
 
171 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32 
 
 
210 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03640  Ykud domain-containing protein  32.46 
 
 
521 aa  51.6  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000350594  normal  0.0100407 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.17 
 
 
376 aa  50.8  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30 
 
 
272 aa  50.4  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.35 
 
 
268 aa  50.1  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.63 
 
 
142 aa  50.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1420  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.28 
 
 
470 aa  49.7  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.05 
 
 
278 aa  49.3  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.06 
 
 
370 aa  49.3  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6095  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.48 
 
 
303 aa  49.3  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3219  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.29 
 
 
204 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.17 
 
 
386 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  31.07 
 
 
266 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.64 
 
 
214 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.64 
 
 
214 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.17 
 
 
386 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2050  enhanced entry protein  50.91 
 
 
249 aa  47.8  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.752408  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.51 
 
 
397 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0142  putative enhanced entry protein EnhA  50.91 
 
 
232 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.387138  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1314  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.33 
 
 
139 aa  47  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.53 
 
 
281 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.95 
 
 
216 aa  47  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.1 
 
 
281 aa  46.2  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.57 
 
 
223 aa  46.2  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  38.46 
 
 
248 aa  46.2  0.0009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0855  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.68 
 
 
541 aa  45.4  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.914763  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  32.79 
 
 
248 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.28 
 
 
289 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.14 
 
 
273 aa  45.8  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1222  enhanced entry protein  32.86 
 
 
253 aa  45.1  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0332065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>