More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1674 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1674  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 146 aa  300  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3608  UspA domain-containing protein  95.89 
 
 		 146 aa  259  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358614  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2132  universal stress protein  95.21 
 
 		 146 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0989997 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  93.15 
 
 		 146 aa  254  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  76.03 
 
 		 149 aa  231  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  75.69 
 
 		 145 aa  230  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  75.69 
 
 		 145 aa  229  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  69.86 
 
 		 146 aa  213  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3881  hypothetical protein  78.62 
 
 		 145 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3520  universal stress protein family  77.7 
 
 		 153 aa  209  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3293  hypothetical protein  73.97 
 
 		 146 aa  203  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  51.06 
 
 		 143 aa  149  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2397  hypothetical protein  50.7 
 
 		 151 aa  149  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  50.35 
 
 		 149 aa  147  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  49.31 
 
 		 146 aa  146  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  44.67 
 
 		 166 aa  118  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  41.1 
 
 		 144 aa  104  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  40.41 
 
 		 144 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  40 
 
 		 143 aa  97.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  40 
 
 		 143 aa  97.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0206  universal stress protein A  40 
 
 		 146 aa  96.7  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2094  hypothetical protein  39.19 
 
 		 140 aa  95.9  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2117  universal stress protein family protein  39.31 
 
 		 146 aa  94.4  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0504  UspA domain-containing protein  39.07 
 
 		 151 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00200377  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  30.57 
 
 		 177 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  34.03 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4225  UspA domain protein  29.3 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.109852  normal  0.228049 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4186  UspA domain protein  29.3 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2946  universal stress protein A  34.51 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1231  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  30.77 
 
 		 162 aa  75.1  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0928925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00532  universal stress protein  30.99 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  29.86 
 
 		 151 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  34.48 
 
 		 152 aa  73.2  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  32.88 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  31.03 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001946  universal stress protein A  30.28 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4568  hypothetical protein  33.76 
 
 		 173 aa  72  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  30.56 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02048  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  56.25 
 
 		 69 aa  71.6  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00697742  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2438  universal stress protein A  32.64 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  34.25 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  34 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2130  hypothetical protein  31.33 
 
 		 153 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1843  universal stress protein  31.33 
 
 		 153 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.120416  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3987  UspA domain protein  31.87 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  30.99 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4029  UspA domain protein  30.63 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2196  UspA domain-containing protein  30.71 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1766  UspA domain-containing protein  27.33 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1801  UspA domain-containing protein  27.33 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  30.71 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  30.71 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3038  hypothetical protein  26.57 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000975242  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4785  UspA domain protein  28.1 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1678  UspA domain-containing protein  32.17 
 
 		 155 aa  67  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.222334  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  29.66 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  29.37 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1273  universal stress protein  26.67 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0340  UspA domain protein  33.75 
 
 		 160 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  32.88 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  31.29 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  29.86 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1769  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00594463  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  29.5 
 
 		 288 aa  64.3  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  28.17 
 
 		 304 aa  64.3  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  28.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0486  UspA domain-containing protein  28.86 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000206197  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  28.28 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  30 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2330  UspA domain protein  28.57 
 
 		 157 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2701  UspA domain protein  29.14 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4652  hypothetical protein  32.89 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.741195 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  30.82 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  32.43 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0538  UspA domain protein  26.57 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2381  UspA domain protein  28.57 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.726392 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  34 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  32.64 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4695  hypothetical protein  28.93 
 
 		 162 aa  62  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  29.33 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  29.93 
 
 		 153 aa  62  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  33.1 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  34.72 
 
 		 164 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1383  UspA domain protein  28.17 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1290  UspA domain-containing protein  28.86 
 
 		 165 aa  61.6  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.466439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  29.37 
 
 		 153 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  28.47 
 
 		 303 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  31.69 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0071  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  27.63 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5007  UspA domain protein  39.33 
 
 		 217 aa  60.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.773862 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  29.14 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  26.9 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1861  UspA domain protein  29.86 
 
 		 145 aa  60.5  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0942342  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  29.14 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2714  UspA domain protein  28.77 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  29.25 
 
 		 158 aa  60.5  0.000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  28.87 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0704  hypothetical protein  32.65 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>