More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1648 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  98.26 
 
 		 402 aa  781    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  98.26 
 
 		 402 aa  781    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  84.08 
 
 		 402 aa  663    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  94.03 
 
 		 402 aa  718    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  82.84 
 
 		 460 aa  634    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  82.84 
 
 		 402 aa  675    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  100 
 
 		 402 aa  790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  82.09 
 
 		 402 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  70.72 
 
 		 403 aa  591  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  73.42 
 
 		 433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  73.57 
 
 		 402 aa  580  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  72.66 
 
 		 400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  72.66 
 
 		 400 aa  568  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 400 aa  571  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  71.93 
 
 		 404 aa  566  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  68.73 
 
 		 405 aa  567  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  69.97 
 
 		 399 aa  562  1.0000000000000001e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  70.89 
 
 		 395 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  70.38 
 
 		 397 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  69.58 
 
 		 406 aa  555  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 400 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  73.16 
 
 		 400 aa  552  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  70.38 
 
 		 400 aa  554  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  68.91 
 
 		 402 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  70.89 
 
 		 397 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  71.39 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 400 aa  545  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  71.39 
 
 		 397 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  70.89 
 
 		 400 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  71.39 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  70.89 
 
 		 400 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  71.14 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  70.38 
 
 		 400 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  70.38 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  70.45 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  69.95 
 
 		 400 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  68.29 
 
 		 417 aa  531  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  71.9 
 
 		 400 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  66.25 
 
 		 405 aa  521  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  67.77 
 
 		 405 aa  523  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  67.77 
 
 		 405 aa  523  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  62.38 
 
 		 404 aa  489  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  60.7 
 
 		 406 aa  483  1e-135  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  61.65 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  60.7 
 
 		 406 aa  480  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  60.9 
 
 		 406 aa  478  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  59.95 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  59.9 
 
 		 405 aa  473  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  60.71 
 
 		 400 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  37.9 
 
 		 408 aa  251  1e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  37.38 
 
 		 411 aa  249  8e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  37.75 
 
 		 411 aa  246  4e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  35.77 
 
 		 411 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  36.25 
 
 		 411 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  39.36 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  36.5 
 
 		 411 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  39.09 
 
 		 408 aa  242  1e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  39.33 
 
 		 408 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  38.16 
 
 		 403 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  38.44 
 
 		 461 aa  226  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  36.29 
 
 		 384 aa  213  7e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  35.61 
 
 		 468 aa  209  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  37.44 
 
 		 445 aa  207  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  35.84 
 
 		 497 aa  205  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  35.78 
 
 		 460 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  34.58 
 
 		 1209 aa  199  7.999999999999999e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  35.52 
 
 		 444 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  34.92 
 
 		 469 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  34.72 
 
 		 433 aa  190  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  35.45 
 
 		 446 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  35.35 
 
 		 486 aa  189  8e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  35.35 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  35.41 
 
 		 435 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  35.41 
 
 		 435 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.85 
 
 		 1016 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  33.72 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  33.72 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  35.15 
 
 		 441 aa  186  4e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  34.47 
 
 		 449 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02961  ammonium transporter  34.62 
 
 		 486 aa  186  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  34.47 
 
 		 458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33 
 
 		 1018 aa  184  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  35.19 
 
 		 483 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  36.19 
 
 		 478 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  32.93 
 
 		 490 aa  182  1e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  36.3 
 
 		 644 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  35.21 
 
 		 478 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  33.41 
 
 		 489 aa  180  2.9999999999999997e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  35.89 
 
 		 441 aa  180  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  33.17 
 
 		 409 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  33.42 
 
 		 482 aa  179  8e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0643  Rh-like protein/ammonium transporter  31.52 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.32832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  35.52 
 
 		 441 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0265  ammonium transporter  34.54 
 
 		 487 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  33.66 
 
 		 476 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  35.28 
 
 		 422 aa  178  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  34.14 
 
 		 471 aa  178  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.52 
 
 		 1262 aa  177  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  36.41 
 
 		 449 aa  177  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>