More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1538 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  92.2 
 
 		 352 aa  637    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 346 aa  687    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  91.57 
 
 		 346 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 361 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  74.71 
 
 		 346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  72.35 
 
 		 346 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 341 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 357 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 345 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  70.21 
 
 		 340 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 359 aa  263  4e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  39.83 
 
 		 360 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 353 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 353 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 353 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 		 346 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 344 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  30.69 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25.6 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 366 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 342 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  28.7 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 331 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.3 
 
 		 335 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  30.23 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  30.94 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 355 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  28.27 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  30.79 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  27.96 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 336 aa  106  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 345 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 345 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  33.23 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 398 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 362 aa  103  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 345 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  26.04 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.34 
 
 		 198 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 372 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 		 356 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 337 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 357 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 335 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 360 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 327 aa  97.8  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 346 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.38 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>