180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1364 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  100 
 
 		 150 aa  308  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  64.63 
 
 		 151 aa  206  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  64.9 
 
 		 151 aa  201  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5236  hypothetical protein  64.38 
 
 		 151 aa  193  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0613  hypothetical protein  63.58 
 
 		 151 aa  189  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.018198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4597  hypothetical protein  63.45 
 
 		 151 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0971888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0607  hypothetical protein  60.96 
 
 		 151 aa  174  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5176  hypothetical protein  63.57 
 
 		 184 aa  174  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00299086  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0568  hypothetical protein  60.69 
 
 		 151 aa  173  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  54.73 
 
 		 153 aa  157  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0262  hypothetical protein  47.92 
 
 		 152 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  49.65 
 
 		 152 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5047  hypothetical protein  50.34 
 
 		 151 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0419469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4421  hypothetical protein  46.94 
 
 		 152 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  48.97 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1574  hypothetical protein  46.26 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.620864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1489  hypothetical protein  43.75 
 
 		 153 aa  129  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  47.45 
 
 		 151 aa  127  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  39.58 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0788  hypothetical protein  40.69 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0943  protein of unknown function DUF1568  41.3 
 
 		 163 aa  110  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  40.14 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16060  hypothetical protein  45.98 
 
 		 86 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00113675  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  30.26 
 
 		 187 aa  64.3  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  30.56 
 
 		 187 aa  63.9  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  26.76 
 
 		 171 aa  64.3  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0996  protein of unknown function DUF1568  30.94 
 
 		 216 aa  62  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.976226  normal  0.164778 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0361  hypothetical protein  29.58 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2835  hypothetical protein  28.57 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2474  protein of unknown function DUF1568  31.85 
 
 		 224 aa  61.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000403207  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  30.14 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  28.12 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2468  hypothetical protein  30.71 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.321631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  29.86 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.73 
 
 		 1345 aa  58.9  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1967  hypothetical protein  28.15 
 
 		 282 aa  57.4  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.969925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02923  hypothetical protein  34.09 
 
 		 169 aa  57  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1384  hypothetical protein  27.66 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.705846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.85 
 
 		 1372 aa  57  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02732  hypothetical protein  38.67 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.979452  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0093  hypothetical protein  29.85 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150021  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3871  protein of unknown function DUF1568  30.07 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1966  hypothetical protein  28.15 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.527692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0796  hypothetical protein  23.85 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3926  hypothetical protein  27.07 
 
 		 322 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3130  transposase and inactivated derivatives  34.74 
 
 		 178 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0127624  normal  0.415202 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3037  protein of unknown function DUF1568  26.12 
 
 		 315 aa  53.9  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2265  transposase and inactivated derivatives  25 
 
 		 241 aa  53.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  27.21 
 
 		 179 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2264  transposase and inactivated derivatives  24.81 
 
 		 323 aa  52.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.88974  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  23.39 
 
 		 152 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0164  transposase  28.68 
 
 		 287 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0743928  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1748  hypothetical protein  26.12 
 
 		 312 aa  52.4  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.994794  normal  0.0128416 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1356  hypothetical protein  29.5 
 
 		 319 aa  52.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.895893  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1813  protein of unknown function DUF1568  30.15 
 
 		 277 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00112655  hitchhiker  0.00000000103135 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1423  protein of unknown function DUF1568  26.56 
 
 		 180 aa  51.6  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7985800000000005e-18 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3122  transposase  27.41 
 
 		 231 aa  52  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  0.623865 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  29.66 
 
 		 176 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3248  protein of unknown function DUF1568  25.35 
 
 		 181 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00178625  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2890  hypothetical protein  25.52 
 
 		 191 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3078  protein of unknown function DUF1568  23.94 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3105  protein of unknown function DUF1568  23.94 
 
 		 192 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000625853  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  34.94 
 
 		 160 aa  50.8  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0885  protein of unknown function DUF1568  26.57 
 
 		 169 aa  50.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3016  hypothetical protein  25.37 
 
 		 312 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1802  protein of unknown function DUF1568  29.5 
 
 		 240 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2793  transposase-like p;rotein  24.09 
 
 		 165 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  32.18 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  26.45 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2771  hypothetical protein  26.12 
 
 		 318 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1084  transposase and inactivated derivatives  25.18 
 
 		 338 aa  50.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1554  protein of unknown function DUF1568  25 
 
 		 230 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.335003 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  26.03 
 
 		 163 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0995  hypothetical protein  26.03 
 
 		 163 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2530  hypothetical protein  25.17 
 
 		 179 aa  49.7  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  29.73 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0793  hypothetical protein  24.43 
 
 		 314 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1558  protein of unknown function DUF1568  25 
 
 		 230 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.55731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1556  protein of unknown function DUF1568  25 
 
 		 230 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444415 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0554  hypothetical protein  24.65 
 
 		 177 aa  48.9  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1952  hypothetical protein  28.26 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2394  hypothetical protein  27.97 
 
 		 239 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2878  protein of unknown function DUF1568  25.58 
 
 		 289 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000473385 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0844  hypothetical protein  27.82 
 
 		 340 aa  49.7  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  29.89 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  31.03 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  28.68 
 
 		 214 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01210  transposase  26.96 
 
 		 245 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  31.03 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  31.03 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0203  hypothetical protein  30.34 
 
 		 288 aa  48.1  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0207  hypothetical protein  30.34 
 
 		 288 aa  48.1  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1725  hypothetical protein  32.56 
 
 		 248 aa  48.1  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3020  hypothetical protein  24.43 
 
 		 316 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1685  transposase, putative  24.14 
 
 		 184 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4373  hypothetical protein  25.87 
 
 		 178 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295832  normal  0.0449373 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1406  protein of unknown function DUF1568  26.12 
 
 		 289 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0682  hypothetical protein  26.47 
 
 		 232 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.349284  normal  0.584525 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1724  hypothetical protein  32.56 
 
 		 248 aa  47.8  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  26.83 
 
 		 218 aa  47.8  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>