More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1335 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A4526  acetate permease  80.23 
 
 
549 aa  864  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5783  acetate permease  70.4 
 
 
553 aa  729  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1379  acetate permease  62.48 
 
 
574 aa  662  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.644113  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2501  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  63.6 
 
 
607 aa  683  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.32414e-08 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1449  acetate permease  60.66 
 
 
574 aa  642  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.463386  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2954  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  67.48 
 
 
563 aa  694  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0772192 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5596  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  64.84 
 
 
560 aa  683  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2637  acetate permease  67.31 
 
 
520 aa  708  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0134816  normal  0.110643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22350  acetate permease  90.6 
 
 
551 aa  968  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16225e-14 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35920  acetate permease  59.77 
 
 
552 aa  637  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00568012  hitchhiker  5.12973e-17 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1293  acetate permease  97.65 
 
 
554 aa  1081  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5873  acetate permease  67.96 
 
 
553 aa  721  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7091  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  59.02 
 
 
557 aa  636  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4617  acetate permease  80.23 
 
 
549 aa  864  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.825598  normal  0.309264 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1454  acetate permease  74.22 
 
 
554 aa  791  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.253764  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0635  acetate permease  73.58 
 
 
559 aa  776  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.953483  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4619  acetate permease  80.41 
 
 
549 aa  864  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3782  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  64.62 
 
 
563 aa  687  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.804193  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1542  SSS sodium solute transporter superfamily  64.76 
 
 
577 aa  710  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000862893  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2496  SSS sodium solute transporter superfamily  64.94 
 
 
561 aa  669  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.342861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03252  acetate permease  65.7 
 
 
562 aa  687  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0465  SSS sodium solute transporter superfamily  66.24 
 
 
576 aa  699  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4586  acetate permease  79.92 
 
 
549 aa  862  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.781469  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4529  acetate permease  80.3 
 
 
549 aa  864  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3960  acetate permease  80.3 
 
 
549 aa  864  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4311  acetate permease  80.3 
 
 
549 aa  865  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2431  acetate permease  65.68 
 
 
577 aa  697  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.157146  normal  0.21776 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3837  acetate permease  81.92 
 
 
551 aa  905  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0353587  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0535  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  64.44 
 
 
575 aa  689  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0004  acetate permease  63.95 
 
 
548 aa  659  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.415194  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3675  hypothetical protein  68.5 
 
 
554 aa  717  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.834284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0274  acetate permease  80.86 
 
 
549 aa  848  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0721182  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2866  acetate permease  63.19 
 
 
666 aa  677  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0150163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1891  acetate permease  90.98 
 
 
551 aa  969  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.45053  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3976  acetate permease  98.74 
 
 
554 aa  1086  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.900001  normal  0.864966 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4622  acetate permease  80.3 
 
 
549 aa  864  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3879  acetate permease  66.24 
 
 
576 aa  692  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262245  normal  0.214662 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4211  acetate permease  65.45 
 
 
571 aa  681  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.31095  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3923  acetate permease  82.1 
 
 
551 aa  905  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281224  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0958  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  66.24 
 
 
570 aa  717  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2624  acetate permease  67.69 
 
 
520 aa  709  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.332014  normal  0.410104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1335  acetate permease  100 
 
 
554 aa  1099  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384462  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2564  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  63.94 
 
 
561 aa  690  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.868226  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3949  acetate permease  81.92 
 
 
551 aa  903  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.739246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5957  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  64.93 
 
 
577 aa  682  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3287  acetate permease  61.67 
 
 
558 aa  635  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0295  acetate permease  83.61 
 
 
550 aa  894  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510607  hitchhiker  0.000229004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2487  acetate permease  67.69 
 
 
520 aa  709  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.869989  normal  0.753083 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5644  Na+/solute symporter  69.75 
 
 
545 aa  697  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.439456  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0375  acetate permease  69.26 
 
 
553 aa  718  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2623  acetate permease  71.99 
 
 
563 aa  751  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3377  acetate permease  79.31 
 
 
552 aa  876  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0784287  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2787  SSS sodium solute transporter superfamily  63.94 
 
 
561 aa  690  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1743  acetate permease  98.92 
 
 
554 aa  1088  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4010  acetate permease  59.78 
 
 
557 aa  663  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.642464 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0428  Na+/solute symporter  65.48 
 
 
559 aa  668  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00400759  decreased coverage  9.17486e-05 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03899  hypothetical protein  80.11 
 
 
549 aa  862  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.790578  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3262  acetate permease  79.55 
 
 
552 aa  863  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3756  acetate permease  89.35 
 
 
552 aa  986  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.574544  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0449  SSS sodium solute transporter superfamily  66.24 
 
 
576 aa  699  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254616  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35030  cation/acetate symporter ActP  80.79 
 
 
552 aa  846  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.89065  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1624  sodium:solute symporter family protein  88.63 
 
 
552 aa  978  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.484288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25230  acetate permease  62.07 
 
 
554 aa  671  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5210  SSS sodium solute transporter superfamily  67.23 
 
 
563 aa  695  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4785  SSS sodium solute transporter superfamily  67.23 
 
 
563 aa  695  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782319  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0683  acetate permease  80.9 
 
 
552 aa  880  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3272  acetate permease  67.69 
 
 
520 aa  709  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3743  acetate permease  68.62 
 
 
554 aa  715  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101501  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1118  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  66.73 
 
 
552 aa  673  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.191913  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4533  acetate permease  80.23 
 
 
549 aa  864  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.612121  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4668  acetate permease  80.23 
 
 
549 aa  864  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.962936  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5572  acetate permease  80.3 
 
 
549 aa  863  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03939  acetate permease  80.11 
 
 
549 aa  862  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.68156  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3925  cation/acetate symporter ActP  80.11 
 
 
549 aa  862  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1577  SSS sodium solute transporter superfamily  71.18 
 
 
546 aa  720  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0392611  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1980  Na+/solute symporter  65.14 
 
 
576 aa  695  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0887  SSS sodium solute transporter superfamily  69.43 
 
 
553 aa  754  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4960  Na+/solute symporter  69.41 
 
 
544 aa  706  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319543  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3142  acetate permease  66.06 
 
 
576 aa  691  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1608  acetate permease  93.32 
 
 
552 aa  998  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.409391 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0912  acetate permease  80.34 
 
 
552 aa  876  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0556  acetate permease  67.46 
 
 
572 aa  722  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2797  acetate permease  60.53 
 
 
552 aa  645  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374436  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3489  acetate permease  61.86 
 
 
560 aa  627  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3160  SSS sodium solute transporter superfamily  61.47 
 
 
554 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261717  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1277  acetate permease  58.26 
 
 
537 aa  623  1e-177  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3911  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  61.92 
 
 
554 aa  611  1e-174  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.215473  normal  0.0942004 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6216  acetate permease  58.72 
 
 
564 aa  602  1e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2874  acetate permease  58.46 
 
 
561 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2260  acetate permease  58.46 
 
 
561 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.081454  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2885  acetate permease  58.46 
 
 
561 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.360969  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2791  acetate permease  58.35 
 
 
561 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.836123  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2929  acetate permease  58.16 
 
 
561 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.984405  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1021  SSS sodium solute transporter superfamily  60.89 
 
 
515 aa  589  1e-167  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.359049  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0315  SSS sodium solute transporter superfamily  59.5 
 
 
519 aa  583  1e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.721086 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1388  acetate permease  59.1 
 
 
571 aa  582  1e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3229  acetate permease  59.1 
 
 
571 aa  582  1e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0205  acetate permease  59.1 
 
 
571 aa  582  1e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2814  acetate permease  59.1 
 
 
571 aa  582  1e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8520  SSS sodium solute transporter superfamily  59.65 
 
 
539 aa  584  1e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>