217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1287 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  96.44 
 
 
421 aa  842    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  74.88 
 
 
424 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  75.24 
 
 
427 aa  657    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  95.49 
 
 
421 aa  833    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
421 aa  860    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  84.85 
 
 
426 aa  731    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  65.25 
 
 
423 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  66.59 
 
 
423 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  64.8 
 
 
424 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  55.29 
 
 
422 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  51.63 
 
 
429 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  53.18 
 
 
424 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.17 
 
 
400 aa  230  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  34.51 
 
 
429 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.38 
 
 
442 aa  220  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  31.89 
 
 
432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  33.57 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.43 
 
 
450 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.03 
 
 
448 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.5 
 
 
430 aa  202  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.38 
 
 
430 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.78 
 
 
448 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.63 
 
 
451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.65 
 
 
449 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  33.08 
 
 
405 aa  201  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.65 
 
 
449 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.65 
 
 
449 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.65 
 
 
449 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.39 
 
 
449 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.98 
 
 
450 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.61 
 
 
364 aa  196  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.01 
 
 
450 aa  196  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  29.45 
 
 
464 aa  193  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  28.54 
 
 
429 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  30.09 
 
 
446 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.49 
 
 
422 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.1 
 
 
450 aa  186  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.24 
 
 
430 aa  186  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.3 
 
 
450 aa  184  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.39 
 
 
449 aa  184  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  31.33 
 
 
417 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.71 
 
 
452 aa  182  7e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  28.1 
 
 
414 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.56 
 
 
428 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.69 
 
 
450 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.56 
 
 
488 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.35 
 
 
451 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  27.82 
 
 
414 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.23 
 
 
415 aa  179  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.7 
 
 
417 aa  176  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.65 
 
 
416 aa  176  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.92 
 
 
444 aa  176  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.56 
 
 
440 aa  176  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  26.7 
 
 
438 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.28 
 
 
447 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  27.27 
 
 
412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.9 
 
 
415 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  26.4 
 
 
437 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.22 
 
 
439 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  29.74 
 
 
419 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.83 
 
 
413 aa  169  7e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.17 
 
 
427 aa  169  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.95 
 
 
420 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.31 
 
 
437 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  28.09 
 
 
463 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.64 
 
 
432 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  27.49 
 
 
453 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.03 
 
 
435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.03 
 
 
435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.09 
 
 
437 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.03 
 
 
435 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.44 
 
 
441 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.79 
 
 
446 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.49 
 
 
437 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  28.01 
 
 
445 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.95 
 
 
434 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.83 
 
 
429 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.86 
 
 
440 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.67 
 
 
442 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.57 
 
 
446 aa  159  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.57 
 
 
448 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.57 
 
 
446 aa  159  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.57 
 
 
446 aa  159  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  27.57 
 
 
448 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  27.57 
 
 
446 aa  159  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.57 
 
 
446 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  25.11 
 
 
442 aa  158  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.35 
 
 
446 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  25.73 
 
 
432 aa  157  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5229  outer membrane protein  27.7 
 
 
482 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.05 
 
 
426 aa  155  9e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.83 
 
 
421 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  27.65 
 
 
415 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.16 
 
 
436 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.6 
 
 
428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.59 
 
 
421 aa  154  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.59 
 
 
421 aa  154  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.44 
 
 
440 aa  152  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.2 
 
 
438 aa  152  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.07 
 
 
437 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>