197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1221 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  100 
 
 
265 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  85.98 
 
 
264 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  67.19 
 
 
262 aa  358  7e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  67.19 
 
 
262 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  66.8 
 
 
323 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  66.41 
 
 
262 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  63.22 
 
 
264 aa  340  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  64.45 
 
 
263 aa  340  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  64.45 
 
 
263 aa  340  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  60.98 
 
 
263 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  56.64 
 
 
251 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  61.33 
 
 
263 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  59.53 
 
 
263 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  57.59 
 
 
274 aa  318  7.999999999999999e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  57.81 
 
 
253 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  57.42 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  57.03 
 
 
253 aa  310  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  57.71 
 
 
254 aa  308  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  56.52 
 
 
253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  56.16 
 
 
225 aa  257  1e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  39.45 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  39.3 
 
 
262 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  38.76 
 
 
268 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  38.37 
 
 
268 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  38.37 
 
 
268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  37.98 
 
 
268 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  39.68 
 
 
321 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  37.6 
 
 
268 aa  176  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.34 
 
 
291 aa  169  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  33.59 
 
 
251 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  31.87 
 
 
271 aa  148  9e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.51 
 
 
263 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  38.5 
 
 
251 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.48 
 
 
296 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.48 
 
 
296 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  33.48 
 
 
296 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.51 
 
 
305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.33 
 
 
673 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.33 
 
 
310 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.74 
 
 
284 aa  107  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  31.74 
 
 
296 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.54 
 
 
284 aa  102  7e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.74 
 
 
306 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.37 
 
 
306 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0670  DNA adenine methylase  33.12 
 
 
163 aa  94  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0429675  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.93 
 
 
277 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4275  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.09 
 
 
274 aa  92.4  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.020773  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  26.94 
 
 
274 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0743  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.59 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0512045  hitchhiker  0.00111999 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.47 
 
 
303 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  29.75 
 
 
270 aa  89  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4407  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.1 
 
 
283 aa  88.6  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.167881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.23 
 
 
348 aa  88.6  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.51 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  0.895873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  27.69 
 
 
285 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.85 
 
 
704 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1787  hypothetical protein  44.09 
 
 
93 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  31.87 
 
 
273 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2028  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.69 
 
 
292 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  27.17 
 
 
275 aa  87.4  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0677  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.22 
 
 
271 aa  86.7  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  26.24 
 
 
280 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2199  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.21 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608262 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2437  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.18 
 
 
279 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  25.34 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  24.46 
 
 
279 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  30.93 
 
 
278 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1897  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.33 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.743533 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.05 
 
 
275 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3755  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.41 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2134  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.1 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0629434  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.84 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5102  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.28 
 
 
301 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  30.11 
 
 
303 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  26.52 
 
 
280 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2646  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.38 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  29.26 
 
 
277 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  26.37 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  26.37 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  22.42 
 
 
319 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  22.42 
 
 
319 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2345  hypothetical protein  52.54 
 
 
73 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  28.8 
 
 
638 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.56 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1973  hypothetical protein  52.54 
 
 
87 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1246  hypothetical protein  52.54 
 
 
87 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4115  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.81 
 
 
530 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  31.02 
 
 
286 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1749  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.53 
 
 
280 aa  71.6  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0183349  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5496  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.75 
 
 
286 aa  71.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  25.65 
 
 
279 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2500  hypothetical protein  51.72 
 
 
87 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  27.42 
 
 
288 aa  70.1  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0344  DNA adenine methylase  26 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0884  DNA adenine methylase  27.56 
 
 
294 aa  69.7  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000960446 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1499  DNA adenine methylase  25 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.142483 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0384  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  23.36 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.558909  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.39 
 
 
273 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0103783  normal  0.290519 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5555  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.05 
 
 
304 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000602778 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0847  DNA adenine methylase  26.79 
 
 
306 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>