175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1074 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1074  thiol:disulfide interchange protein DsbC  100 
 
 
247 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.211373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4252  thiol:disulfide interchange protein DsbC  99.6 
 
 
247 aa  505  1e-142  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1469  thiol:disulfide interchange protein DsbC  98.79 
 
 
260 aa  500  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838992  normal  0.213386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4150  thiol:disulfide interchange protein DsbC  94.31 
 
 
253 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.887252  normal  0.466954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1289  glutaredoxin  77.24 
 
 
246 aa  405  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000448477  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1026  glutaredoxin  79.18 
 
 
243 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1479  thiol:disulfide interchange protein DsbC  75.92 
 
 
246 aa  399  1e-110  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16050  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.98 
 
 
242 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1382  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.57 
 
 
242 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  5.49688e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39500  Disulfide bond isomerase  63.27 
 
 
244 aa  322  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3395  protein-disulfide isomerase-like protein  57.55 
 
 
241 aa  294  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1208  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.74 
 
 
264 aa  197  1e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00110909  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0652  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.17 
 
 
242 aa  193  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.317088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3011  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.66 
 
 
245 aa  191  8e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243743  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2126  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.3 
 
 
241 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38357  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0894  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.88 
 
 
245 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2275  protein-disulfide isomerase  40.43 
 
 
244 aa  179  5e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0963493  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.09 
 
 
238 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.305682  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3766  protein-disulfide isomerase-like protein  43.28 
 
 
238 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.98401e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2738  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.86 
 
 
242 aa  175  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0646  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.29 
 
 
238 aa  174  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0921  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.67 
 
 
238 aa  173  2e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3848  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.67 
 
 
238 aa  173  2e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3303  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.91 
 
 
251 aa  173  2e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00340297  normal  0.257142 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0880  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.67 
 
 
238 aa  173  2e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.331864  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2009  protein-disulfide isomerase-like protein  37.16 
 
 
277 aa  172  3e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0221449  normal  0.336717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3277  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.34 
 
 
237 aa  173  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0896  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.32 
 
 
242 aa  172  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0771  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.67 
 
 
241 aa  172  6e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3379  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.89 
 
 
237 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3199  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.89 
 
 
237 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.414652  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3274  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.89 
 
 
237 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3211  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.89 
 
 
237 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.473418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3425  thiol:disulfide interchange protein DsbC  38.66 
 
 
238 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.668672  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0254  thiol:disulfide interchange protein  36.84 
 
 
285 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000766083  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0862  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.85 
 
 
238 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0280  putative thiol:disulfide interchange protein  35.96 
 
 
285 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.413391  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03408  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40 
 
 
240 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3227  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.17 
 
 
241 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0844  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.48 
 
 
241 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0796  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.17 
 
 
241 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0951  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.17 
 
 
241 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0748  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.68 
 
 
242 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  2.86403e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1475  thiol:disulfide interchange protein  42.61 
 
 
232 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.653539  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3313  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.45 
 
 
236 aa  166  3e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3299  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.5 
 
 
239 aa  166  3e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3330  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.35 
 
 
241 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3311  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.78 
 
 
237 aa  165  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.679493  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3523  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.05 
 
 
241 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3026  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.09 
 
 
236 aa  165  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3448  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.05 
 
 
241 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3642  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.05 
 
 
241 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0799  Thioredoxin, conserved site  39.09 
 
 
236 aa  165  6e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0816  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.09 
 
 
236 aa  165  6e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.774755  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4184  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.09 
 
 
236 aa  165  6e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41 
 
 
241 aa  165  7e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205241  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3052  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.09 
 
 
236 aa  164  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02688  hypothetical protein  39.09 
 
 
236 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116965  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02725  protein disulfide isomerase II  39.09 
 
 
236 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3219  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.09 
 
 
236 aa  164  1e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2037  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  35.62 
 
 
255 aa  162  5e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.672217  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0664  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.25 
 
 
251 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0629017  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0806  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.1 
 
 
241 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02667  disulfide isomerase  38.79 
 
 
265 aa  159  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2253  thiol-disulfide interchange protein DsbC  41.38 
 
 
245 aa  159  6e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.01453e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0563  thiol/disulfide interchange protein DsbC precursor  40.72 
 
 
258 aa  158  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.405335  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3713  thiol:disulfide interchange protein DsbC  37.8 
 
 
261 aa  158  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0541  protein disulfide isomerase precursor  39.81 
 
 
263 aa  157  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474105  normal  0.954395 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2771  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  34.41 
 
 
254 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.756706  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1487  thiol-disulfide interchange protein DsbC  36.27 
 
 
245 aa  152  6e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.250656  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0771  chitinase  36.11 
 
 
262 aa  149  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.902637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0683  disulfide isomerase  36.11 
 
 
262 aa  149  5e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.304467  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2103  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  36.65 
 
 
237 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.84966 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1994  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40 
 
 
250 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  38.07 
 
 
210 aa  142  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.452646  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4095  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.46 
 
 
264 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004440  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.04 
 
 
262 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00957  protein-disulfide isomeras  33.96 
 
 
272 aa  121  9e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  33.76 
 
 
248 aa  109  4e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2331  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.56 
 
 
236 aa  108  8e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.442113 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2768  thiol:disulfide interchange protein  33.33 
 
 
248 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  28.19 
 
 
237 aa  106  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0592  putative thiol:disulfide interchange protein  32.26 
 
 
246 aa  105  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0154668  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3134  putative thiol:disulfide interchange protein  32.81 
 
 
248 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.649028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  30.56 
 
 
241 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  30.56 
 
 
241 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1944  protein-disulfide isomerase-like protein  39.23 
 
 
187 aa  102  8e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.717772  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  31.48 
 
 
241 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0498  protein-disulfide isomerase-like protein  30.96 
 
 
242 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0526  protein-disulfide isomerase-like protein  30.96 
 
 
242 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2579  protein-disulfide isomerase-like  30.96 
 
 
242 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1639  protein-disulfide isomerase-like protein  33.56 
 
 
179 aa  99.4  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00285888  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0455  protein-disulfide isomerase-like protein  31.84 
 
 
242 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0600413 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0431  protein-disulfide isomerase-like protein  31.84 
 
 
242 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3613  protein-disulfide isomerase-like  30.54 
 
 
242 aa  98.6  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2486  protein-disulfide isomerase-like protein  34.27 
 
 
178 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.323068  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  30.21 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4180  protein-disulfide isomerase  29.59 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0898923  hitchhiker  0.00161761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3663  putative protein disulfide-isomerase  30.21 
 
 
242 aa  95.9  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463587  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0140  putative thiol:disulfide interchange protein  26.89 
 
 
237 aa  95.9  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.303259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>