More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1043 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  95.21 
 
 		 584 aa  1076    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  95.72 
 
 		 584 aa  1084    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 584 aa  1176    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  79.85 
 
 		 650 aa  904    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.61 
 
 		 673 aa  348  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  36.13 
 
 		 689 aa  329  9e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  35.05 
 
 		 670 aa  317  5e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  35.15 
 
 		 658 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.04 
 
 		 658 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  34.09 
 
 		 650 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  37.09 
 
 		 748 aa  294  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 681 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.07 
 
 		 634 aa  290  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  34.67 
 
 		 703 aa  289  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  33.39 
 
 		 702 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  32.96 
 
 		 700 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  32.96 
 
 		 700 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  32.86 
 
 		 705 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  44.35 
 
 		 655 aa  280  6e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  35.09 
 
 		 645 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 		 707 aa  269  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.65 
 
 		 758 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  41.95 
 
 		 662 aa  265  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  36.85 
 
 		 738 aa  263  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  38.33 
 
 		 697 aa  261  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  33.39 
 
 		 776 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  37.2 
 
 		 675 aa  257  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  40.37 
 
 		 747 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  33.06 
 
 		 640 aa  252  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.3 
 
 		 660 aa  250  7e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  37.22 
 
 		 686 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  37.22 
 
 		 686 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  37.22 
 
 		 686 aa  249  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  37.22 
 
 		 686 aa  249  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  34.81 
 
 		 658 aa  248  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  39.55 
 
 		 674 aa  247  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  32.56 
 
 		 640 aa  247  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  37.08 
 
 		 686 aa  247  6e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  36.99 
 
 		 793 aa  246  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  39.95 
 
 		 655 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  35.76 
 
 		 672 aa  246  6.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  36.47 
 
 		 736 aa  243  6e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  37.97 
 
 		 710 aa  241  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  41.94 
 
 		 725 aa  241  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  38.21 
 
 		 724 aa  238  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  39.1 
 
 		 704 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 740 aa  236  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  39.06 
 
 		 704 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  38.55 
 
 		 705 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  38.08 
 
 		 705 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  37.03 
 
 		 714 aa  233  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  38.12 
 
 		 703 aa  233  6e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  38.34 
 
 		 703 aa  232  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  35.21 
 
 		 728 aa  230  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  37.94 
 
 		 706 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  35.39 
 
 		 702 aa  228  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  39.02 
 
 		 666 aa  227  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.51 
 
 		 810 aa  227  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  37.64 
 
 		 710 aa  225  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  35.66 
 
 		 753 aa  225  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  34.78 
 
 		 787 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  38.81 
 
 		 649 aa  223  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  38.49 
 
 		 781 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  35.63 
 
 		 750 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  37.85 
 
 		 781 aa  219  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  34.61 
 
 		 641 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  36.76 
 
 		 650 aa  217  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  37.13 
 
 		 654 aa  217  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  39.94 
 
 		 682 aa  217  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  36.76 
 
 		 654 aa  217  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  39.83 
 
 		 716 aa  216  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.27 
 
 		 805 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  33.19 
 
 		 789 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  38.3 
 
 		 807 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  37.99 
 
 		 783 aa  212  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.98 
 
 		 732 aa  209  9e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  35.12 
 
 		 640 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  35.12 
 
 		 640 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  35.12 
 
 		 640 aa  208  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  37.82 
 
 		 783 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  38.24 
 
 		 803 aa  207  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  32.1 
 
 		 696 aa  205  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  39.18 
 
 		 714 aa  205  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  37.57 
 
 		 803 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.39 
 
 		 748 aa  202  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  33.49 
 
 		 717 aa  200  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  37.86 
 
 		 803 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  36.19 
 
 		 744 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  37.07 
 
 		 804 aa  197  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  36.56 
 
 		 757 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 750 aa  194  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 757 aa  194  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 757 aa  194  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 757 aa  194  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 757 aa  194  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 757 aa  194  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  31.68 
 
 		 774 aa  193  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  35.71 
 
 		 781 aa  193  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  34.59 
 
 		 777 aa  193  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  34.59 
 
 		 771 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>