250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0987 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  98.65 
 
 		 371 aa  729    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  98.38 
 
 		 383 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 371 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  96.5 
 
 		 371 aa  694    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  78.02 
 
 		 375 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  77.21 
 
 		 375 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  77.27 
 
 		 373 aa  584  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  77.21 
 
 		 372 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  77.75 
 
 		 372 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  76.88 
 
 		 372 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  71.85 
 
 		 376 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  51.22 
 
 		 367 aa  344  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.53 
 
 		 360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  45.78 
 
 		 386 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  38.12 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  38.4 
 
 		 359 aa  252  7e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  36.73 
 
 		 366 aa  246  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  40.05 
 
 		 371 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  38.64 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  38.75 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  38.64 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  37.43 
 
 		 366 aa  244  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  38.42 
 
 		 370 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  42.18 
 
 		 372 aa  239  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  37.16 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  36.44 
 
 		 368 aa  230  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  36.08 
 
 		 370 aa  231  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  36.36 
 
 		 371 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  36.84 
 
 		 370 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  37.13 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  37.61 
 
 		 370 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  36.08 
 
 		 366 aa  220  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  36.47 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  38.17 
 
 		 370 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  38.17 
 
 		 370 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  38.17 
 
 		 370 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  34.93 
 
 		 370 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  37.95 
 
 		 370 aa  216  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  36.83 
 
 		 370 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  37.37 
 
 		 370 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  39.17 
 
 		 372 aa  213  5.999999999999999e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  35.57 
 
 		 381 aa  209  7e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  34.17 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  31.69 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  36.02 
 
 		 367 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  31.82 
 
 		 365 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  31.82 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  31.34 
 
 		 364 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  31.69 
 
 		 363 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  31.42 
 
 		 363 aa  189  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  32.93 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  34.65 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  31.87 
 
 		 371 aa  186  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  32.63 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  32.63 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  37.65 
 
 		 370 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  30.31 
 
 		 361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  34.7 
 
 		 366 aa  183  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  30.77 
 
 		 370 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2114  permease YjgP/YjgQ family protein  34.95 
 
 		 386 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.774642 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  32.63 
 
 		 363 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  31.42 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  32.72 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0875  hypothetical membrane spanning protein  36.45 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  29.76 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  30.03 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  29.91 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4883  permease  33.52 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00332815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4864  putative permease  33.52 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000973807  normal  0.308777 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4734  putative permease  33.52 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000385303  normal  0.325053 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  33.52 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  33.52 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  32.41 
 
 		 364 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  32.41 
 
 		 364 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  32.41 
 
 		 364 aa  169  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04127  conserved inner membrane protein  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000245131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3751  permease YjgP/YjgQ family protein  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04091  hypothetical protein  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000267736  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4742  putative permease  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000002134  normal  0.891327 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0053  permease YjgP/YjgQ  31.3 
 
 		 428 aa  169  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.494853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4517  putative permease  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2463499999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5783  putative permease  33.7 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000294674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4834  putaitve permease  33.7 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000998605  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  31.82 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3556  permease YjgP/YjgQ family protein  32.43 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  31.3 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0045  hypothetical protein  30.83 
 
 		 416 aa  159  9e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.402941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  32.7 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  31.01 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  30.59 
 
 		 372 aa  156  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3736  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 359 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00233017  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  31.27 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  31.59 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0054  permease YjgP/YjgQ family protein  28.6 
 
 		 494 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>