More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0936 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0936  rare lipoprotein A  100 
 
 
124 aa  252  9e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0969  rare lipoprotein A  99.19 
 
 
124 aa  249  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629172  normal  0.144178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0929  rare lipoprotein A  98.39 
 
 
124 aa  248  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4286  rare lipoprotein A  94.35 
 
 
155 aa  241  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0834  rare lipoprotein A  79.03 
 
 
124 aa  199  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578704  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4167  rare lipoprotein A  74.38 
 
 
145 aa  191  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4476  rplA family protein  77.57 
 
 
122 aa  179  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58210  hypothetical protein  66.06 
 
 
125 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5099  hypothetical protein  69.89 
 
 
125 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.637831  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0852  rare lipoprotein A  69.66 
 
 
140 aa  130  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3150  rare lipoprotein A family protein  62 
 
 
211 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1357  rare lipoprotein A  65.96 
 
 
199 aa  127  6e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.24818 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1509  rare lipoprotein A  60.91 
 
 
114 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2911  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
230 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.339601  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3821  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
230 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577854  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1631  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
242 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3399  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
242 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0569835  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0638  rare lipoprotein A  48.76 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262012 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2970  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
211 aa  124  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0043  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
211 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0114  rare lipoprotein A  62.89 
 
 
142 aa  124  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3902  rare lipoprotein A family protein  60 
 
 
211 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1684  rare lipoprotein A  62.92 
 
 
150 aa  124  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.981864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12600  Rare lipoprotein A, RplA  56.48 
 
 
123 aa  124  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.817198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1191  rare lipoprotein A  49.58 
 
 
137 aa  123  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0103428  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1099  rare lipoprotein A  49.58 
 
 
137 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3340  rare lipoprotein A  56.35 
 
 
358 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1159  rare lipoprotein A  49.58 
 
 
137 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3199  rare lipoprotein A  49.58 
 
 
137 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.476215 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0403  rare lipoprotein A  61.46 
 
 
200 aa  121  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0736  rare lipoprotein A  62.64 
 
 
124 aa  120  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0240086  hitchhiker  0.0000000179293 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0252  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
170 aa  120  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4315  rare lipoprotein A  61.46 
 
 
200 aa  120  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2366  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
163 aa  120  9e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2708  rare lipoprotein A  58.33 
 
 
285 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1079  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
360 aa  119  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2772  rare lipoprotein A  58.24 
 
 
171 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0220  rare lipoprotein A  57.3 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.602975  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1108  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
360 aa  119  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0319  rare lipoprotein A  51.55 
 
 
186 aa  119  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000762425  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4924  rare lipoprotein A  53.33 
 
 
121 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0611  rare lipoprotein A  54.95 
 
 
167 aa  118  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3972  rare lipoprotein A  57.29 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0134475  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0214  rare lipoprotein A  55 
 
 
203 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.104099 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0200  rare lipoprotein A  55 
 
 
203 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4116  rare lipoprotein A  55.21 
 
 
144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000656887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  56.12 
 
 
324 aa  117  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1713  putative rare lipoprotein A  49.49 
 
 
293 aa  117  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  54.55 
 
 
342 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2019  rare lipoprotein A  57.61 
 
 
165 aa  117  6e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.202137  normal  0.287448 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4952  rare lipoprotein A  54.55 
 
 
121 aa  117  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.464519  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0215  rare lipoprotein A  60.44 
 
 
171 aa  117  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0195  rare lipoprotein A  54 
 
 
202 aa  117  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489761  hitchhiker  0.00000000287556 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01087  hypothetical protein  52.8 
 
 
181 aa  117  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3389  rare lipoprotein A  54 
 
 
214 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  53.54 
 
 
341 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1489  rare lipoprotein A  55.96 
 
 
122 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4822  lipoprotein, rlpA family  52.53 
 
 
342 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2020  rare lipoprotein A  59.38 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.451852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3108  rare lipoprotein A  51.89 
 
 
339 aa  115  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66001  normal  0.467764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  54.55 
 
 
332 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4362  rare lipoprotein A  51.52 
 
 
342 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440112  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2837  rare lipoprotein A  64.52 
 
 
121 aa  114  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0265  rare lipoprotein A  55.67 
 
 
286 aa  114  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0973741  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2633  rare lipoprotein A  53.61 
 
 
257 aa  115  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4679  rare lipoprotein A  53.54 
 
 
333 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362563  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08420  Rare lipoprotein, RlpA family  53.54 
 
 
325 aa  114  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.108645  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2298  rare lipoprotein A  55.21 
 
 
238 aa  114  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1456  rare lipoprotein A  58.33 
 
 
322 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.12367  normal  0.0142155 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3637  rare lipoprotein A  52.58 
 
 
163 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0117902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1470  rare lipoprotein A  55.1 
 
 
282 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00612022  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2973  rare lipoprotein A  59.22 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0691329 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0121  rare lipoprotein A  57.29 
 
 
199 aa  114  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4804  rare lipoprotein A family  53.54 
 
 
333 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  53.54 
 
 
333 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1705  rare lipoprotein A  60.42 
 
 
367 aa  114  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5339  rare lipoprotein A  64.04 
 
 
324 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2367  rare lipoprotein A  56.52 
 
 
128 aa  113  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0268  rare lipoprotein A  52 
 
 
203 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.170156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2925  rare lipoprotein A  47.66 
 
 
131 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.542762  normal  0.960084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0709  rare lipoprotein A  73.75 
 
 
124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.416345  normal  0.119045 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2034  rare lipoprotein A  61.54 
 
 
168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0135  rare lipoprotein A  55.36 
 
 
122 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1548  rare lipoprotein A  54.08 
 
 
259 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.64973 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0286  rare lipoprotein A  52 
 
 
213 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.838824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4967  rare lipoprotein A  50.52 
 
 
335 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1152  rare lipoprotein A  63.74 
 
 
335 aa  112  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2820  rare lipoprotein A  52 
 
 
213 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  50.53 
 
 
265 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  49.47 
 
 
264 aa  111  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0965  rare lipoprotein A  64.52 
 
 
371 aa  111  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0445  rare lipoprotein A  47.37 
 
 
142 aa  111  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0289513  normal  0.285838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2800  rare lipoprotein A  52.53 
 
 
342 aa  111  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.472757  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0060  rare lipoprotein A  46.15 
 
 
129 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0496  rare lipoprotein A, putative  47.22 
 
 
224 aa  111  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0760  rare lipoprotein A  55.91 
 
 
262 aa  111  4.0000000000000004e-24  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1971  rare lipoprotein A  48.96 
 
 
323 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4388  rare lipoprotein A  63.64 
 
 
119 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3104  rare lipoprotein A  47.62 
 
 
131 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1475  rare lipoprotein A  72.5 
 
 
124 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>