More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0920 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  94.53 
 
 		 274 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  94.16 
 
 		 274 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  92.19 
 
 		 269 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  74.33 
 
 		 271 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 275 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  59.7 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 247 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 373 aa  89.4  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 390 aa  72.8  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 438 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 385 aa  70.1  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 399 aa  66.2  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 353 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 349 aa  65.5  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 106 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.81 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 383 aa  62  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  25.86 
 
 		 397 aa  62  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.33 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 422 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 381 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 389 aa  59.7  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.52 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 		 791 aa  57  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.07 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  28.71 
 
 		 406 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 364 aa  55.8  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  55.5  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 401 aa  55.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 362 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 385 aa  53.9  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3084  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 363 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.61 
 
 		 1335 aa  53.1  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 318 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 363 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 320 aa  53.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1834  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 328 aa  52.8  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.170119  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 492 aa  52.8  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.41 
 
 		 289 aa  52.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  34.78 
 
 		 279 aa  52.4  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0717  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 273 aa  52.4  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3028  response regulator receiver protein  25.74 
 
 		 558 aa  52.4  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.360206  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  28.41 
 
 		 289 aa  52.4  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 745 aa  52.4  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 321 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 745 aa  52.4  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 934 aa  52.4  0.000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 270 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  22.31 
 
 		 1370 aa  52.4  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 321 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  27.21 
 
 		 993 aa  52.4  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 319 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 326 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 440 aa  52  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  27.17 
 
 		 1296 aa  51.6  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5383  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>