More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0612 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  99.22 
 
 		 637 aa  1309    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  51.2 
 
 		 625 aa  635    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  94.66 
 
 		 637 aa  1258    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  94.35 
 
 		 637 aa  1254    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0627  arginine decarboxylase  95.45 
 
 		 637 aa  1268    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  98.27 
 
 		 637 aa  1300    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  88.68 
 
 		 636 aa  1181    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  86.81 
 
 		 637 aa  1168    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  88.52 
 
 		 636 aa  1182    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  99.22 
 
 		 637 aa  1308    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  84.83 
 
 		 636 aa  1136    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  100 
 
 		 637 aa  1316    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  51.67 
 
 		 627 aa  632  1e-180  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  52.39 
 
 		 628 aa  634  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  50.24 
 
 		 633 aa  613  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0202  arginine decarboxylase  49.21 
 
 		 634 aa  605  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.500667  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0557  arginine decarboxylase  47.68 
 
 		 629 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.321507  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  48.26 
 
 		 637 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  48.58 
 
 		 636 aa  593  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3768  arginine decarboxylase  47.44 
 
 		 629 aa  590  1e-167  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  47.96 
 
 		 636 aa  590  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  47.7 
 
 		 637 aa  588  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  47.7 
 
 		 637 aa  588  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  47.7 
 
 		 637 aa  588  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1698  arginine decarboxylase  47.71 
 
 		 636 aa  587  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  47.39 
 
 		 637 aa  585  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  47.79 
 
 		 637 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1761  arginine decarboxylase  48.18 
 
 		 637 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0168893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1805  arginine decarboxylase  48.18 
 
 		 637 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0026532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1471  arginine decarboxylase  49.37 
 
 		 637 aa  584  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1768  arginine decarboxylase  48.18 
 
 		 637 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0174014  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1186  arginine decarboxylase  49.37 
 
 		 637 aa  584  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.470045 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2517  arginine decarboxylase  48.18 
 
 		 637 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.977379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1619  arginine decarboxylase  48.27 
 
 		 637 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000092888  normal  0.0751508 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1647  arginine decarboxylase  47.7 
 
 		 637 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  47.55 
 
 		 637 aa  581  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03648  arginine decarboxylase  47.12 
 
 		 628 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0106  arginine decarboxylase  47.52 
 
 		 628 aa  575  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.895522  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0121  arginine decarboxylase  47.36 
 
 		 628 aa  575  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.183445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2057  arginine decarboxylase  47.48 
 
 		 637 aa  571  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126213  normal  0.137004 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  46.31 
 
 		 661 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  46.96 
 
 		 641 aa  563  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  46.63 
 
 		 640 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  46.31 
 
 		 640 aa  560  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2840  arginine decarboxylase  45.6 
 
 		 634 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177287 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  48.07 
 
 		 626 aa  553  1e-156  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  544  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  45.09 
 
 		 658 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  44.78 
 
 		 658 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  544  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 632 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  544  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  45.09 
 
 		 658 aa  544  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3903  arginine decarboxylase  45.34 
 
 		 659 aa  539  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0317541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  45.25 
 
 		 657 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  45.66 
 
 		 660 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  44.62 
 
 		 659 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  44.93 
 
 		 658 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  44.62 
 
 		 659 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  44.62 
 
 		 659 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0861  arginine decarboxylase  46.67 
 
 		 637 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  44.32 
 
 		 658 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  44.08 
 
 		 650 aa  526  1e-148  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0006  arginine decarboxylase  41 
 
 		 630 aa  500  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1119  arginine decarboxylase  40.1 
 
 		 639 aa  500  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.139662  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0006  arginine decarboxylase  40.84 
 
 		 630 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1536  arginine decarboxylase  40.25 
 
 		 645 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.767792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  40.03 
 
 		 671 aa  492  9.999999999999999e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  40.22 
 
 		 638 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  39.87 
 
 		 647 aa  486  1e-136  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  41.11 
 
 		 645 aa  488  1e-136  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1598  arginine decarboxylase  40.13 
 
 		 639 aa  484  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0503845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0571  arginine decarboxylase  40.12 
 
 		 650 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  38.58 
 
 		 681 aa  478  1e-133  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2517  arginine decarboxylase  39.37 
 
 		 639 aa  476  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.332138  normal  0.039824 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  38.61 
 
 		 635 aa  473  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  39.53 
 
 		 655 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  38.55 
 
 		 681 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  38.28 
 
 		 654 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  38.1 
 
 		 647 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  37.97 
 
 		 635 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  39.02 
 
 		 679 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  38.32 
 
 		 654 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  39.07 
 
 		 669 aa  469  1.0000000000000001e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  38.28 
 
 		 654 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  37.83 
 
 		 648 aa  467  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  38.34 
 
 		 636 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2321  arginine decarboxylase  37.77 
 
 		 655 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  37.21 
 
 		 648 aa  466  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3873  arginine decarboxylase  37.62 
 
 		 642 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  39.22 
 
 		 693 aa  467  9.999999999999999e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  37.6 
 
 		 635 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>