More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0598 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  96.74 
 
 
368 aa  675    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  100 
 
 
368 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  96.74 
 
 
368 aa  710    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.68 
 
 
370 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  76.28 
 
 
370 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.68 
 
 
370 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.29 
 
 
370 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.74 
 
 
370 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.6 
 
 
371 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  57.92 
 
 
370 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.97 
 
 
371 aa  411  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.49 
 
 
371 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.49 
 
 
371 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.51 
 
 
371 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1775  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.05 
 
 
371 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1748  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.95 
 
 
371 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.572248  normal  0.0590997 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  51.5 
 
 
369 aa  344  1e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.98 
 
 
374 aa  331  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0119  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  46.09 
 
 
380 aa  328  7e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.156608 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.73 
 
 
367 aa  327  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.86 
 
 
372 aa  327  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.89 
 
 
372 aa  322  7e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.53 
 
 
371 aa  317  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.15 
 
 
370 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1087  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  40.33 
 
 
389 aa  249  7e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.607916  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2228  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.91 
 
 
440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  31.77 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4115  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
443 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0536  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.73 
 
 
398 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13712  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  26.09 
 
 
277 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  27.24 
 
 
283 aa  105  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  31.84 
 
 
312 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1108  alpha/beta hydrolase fold  34.39 
 
 
246 aa  103  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00367251  hitchhiker  0.00365287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  33.07 
 
 
315 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  31.15 
 
 
296 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  30.04 
 
 
290 aa  99.8  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0345  dihydrolipoamide acetyltransferase  46.39 
 
 
450 aa  99.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  30.2 
 
 
284 aa  97.1  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  31.3 
 
 
302 aa  96.3  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
298 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  0.00000857461 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  31.27 
 
 
290 aa  94.4  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0537  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  28 
 
 
292 aa  93.6  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.169084  normal  0.40861 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1299  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  27.34 
 
 
288 aa  93.6  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  30.85 
 
 
298 aa  93.6  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  31.1 
 
 
258 aa  93.2  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0392  alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 
273 aa  93.6  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  30.53 
 
 
289 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  30.89 
 
 
316 aa  92  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  29.39 
 
 
283 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  29.62 
 
 
293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  29.07 
 
 
289 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  32.09 
 
 
288 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2696  alpha/beta hydrolase fold  28 
 
 
291 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  decreased coverage  0.00208278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  29.04 
 
 
291 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  31.06 
 
 
288 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4726  alpha/beta hydrolase fold  28.19 
 
 
279 aa  90.9  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  29.04 
 
 
291 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  29.04 
 
 
291 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  29.24 
 
 
277 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  29.39 
 
 
289 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  29.26 
 
 
271 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  28.36 
 
 
260 aa  90.9  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  28.36 
 
 
260 aa  90.9  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  29.37 
 
 
287 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4614  alpha/beta hydrolase fold protein  28.16 
 
 
279 aa  90.1  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  30.86 
 
 
276 aa  90.1  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5043  alpha/beta fold family hydrolase  28.16 
 
 
279 aa  89.7  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1026  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  43.75 
 
 
450 aa  89.7  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.138637  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  29.63 
 
 
312 aa  89.7  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4774  alpha/beta fold family hydrolase  28.16 
 
 
279 aa  89.4  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4636  alpha/beta hydrolase fold protein  28.16 
 
 
279 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5136  alpha/beta fold family hydrolase  28.16 
 
 
279 aa  89.4  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5015  hydrolase, alpha/beta fold family  28.16 
 
 
279 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0493  alpha/beta hydrolase fold  27.07 
 
 
290 aa  89.4  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.5355  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5048  hydrolase, alpha/beta fold family  28.16 
 
 
279 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1226  alpha/beta hydrolase fold protein  27.27 
 
 
292 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00330311  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  29.78 
 
 
293 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  29.78 
 
 
288 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  29.78 
 
 
293 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5036  hydrolase, alpha/beta fold family  28.16 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  29.78 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  31.06 
 
 
286 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  29.78 
 
 
293 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0317  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  40.43 
 
 
99 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.137506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  29.78 
 
 
293 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  29.07 
 
 
340 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  29.78 
 
 
288 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  30.3 
 
 
299 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0879  alpha/beta hydrolase fold  29.44 
 
 
278 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.101145 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4453  alpha/beta hydrolase fold  27.52 
 
 
279 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.522171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2956  Alpha/beta hydrolase  32.94 
 
 
275 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419373  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  30.77 
 
 
267 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0806  alpha/beta hydrolase fold  26.36 
 
 
279 aa  86.7  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0845651 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3560  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  42.27 
 
 
480 aa  87  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0000824091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1935  alpha/beta hydrolase  34.6 
 
 
268 aa  86.7  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28.16 
 
 
309 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  28.29 
 
 
340 aa  86.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>