More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0556 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  100 
 
 		 290 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  95.17 
 
 		 290 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  95.17 
 
 		 290 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  94.14 
 
 		 290 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  81.03 
 
 		 290 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  80.14 
 
 		 289 aa  472  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  78.97 
 
 		 290 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  78.28 
 
 		 290 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  79.17 
 
 		 290 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  77.7 
 
 		 289 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  77.35 
 
 		 289 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  45.17 
 
 		 287 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  42.71 
 
 		 287 aa  229  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  40.97 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  44.48 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  40.21 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  41.37 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  38.68 
 
 		 285 aa  199  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  37.63 
 
 		 286 aa  189  7e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1307  thioredoxin  40.89 
 
 		 286 aa  185  8e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334323  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  36.93 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  38.73 
 
 		 291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  38.64 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  38.25 
 
 		 286 aa  179  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1374  thioredoxin  40.55 
 
 		 286 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  38.64 
 
 		 282 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  36.04 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  36.84 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  36.84 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  36.84 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  36.84 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  38.95 
 
 		 282 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  36.49 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  36.49 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  38.27 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  36.49 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  36.49 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  36.49 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  39.01 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  38.19 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  36.97 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  36.68 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  36.68 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01872  thioredoxin  35.74 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  38.03 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  36.49 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2914  thioredoxin  36.55 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  36.49 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  37.2 
 
 		 311 aa  169  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  36.49 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  35.19 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  36.62 
 
 		 282 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  36.14 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  36.14 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  36.62 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  39.65 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  36.62 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  37.68 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  33.55 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  36.49 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  36.27 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  37.32 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  36.52 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  36.05 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  37.32 
 
 		 282 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  35.71 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  38.95 
 
 		 282 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  34.49 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  36.46 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  37.14 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  34.77 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  36.27 
 
 		 918 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  34.49 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  35.02 
 
 		 310 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  37.04 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  38.05 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  37.24 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  37.24 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  37.24 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  38.46 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  36.18 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  33.68 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  35.05 
 
 		 324 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  33.92 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1038  thioredoxin  34.98 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  36.14 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  35.14 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  33.8 
 
 		 326 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  34.27 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  33.1 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  33.22 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  35.69 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  32.65 
 
 		 329 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  35.14 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  32.65 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  33.79 
 
 		 334 aa  153  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  35.36 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  32.98 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  35 
 
 		 281 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  34.48 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0179199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>