128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0312 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  95.59 
 
 
748 aa  1417    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  68.45 
 
 
741 aa  1033    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  69.02 
 
 
741 aa  1039    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  70.05 
 
 
740 aa  1040    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  62.98 
 
 
750 aa  892    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  61.15 
 
 
741 aa  894    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  63.5 
 
 
748 aa  924    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  96.12 
 
 
748 aa  1418    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  63.37 
 
 
750 aa  889    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  100 
 
 
748 aa  1501    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  90.79 
 
 
747 aa  1350    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  30.23 
 
 
741 aa  305  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  29.64 
 
 
789 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  28.92 
 
 
745 aa  278  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  30.16 
 
 
712 aa  264  6e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  30.4 
 
 
699 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  25.85 
 
 
797 aa  222  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  27.41 
 
 
742 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  26.85 
 
 
682 aa  203  8e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  26.52 
 
 
812 aa  190  7e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  23.69 
 
 
732 aa  171  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  26.47 
 
 
711 aa  167  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  23.66 
 
 
725 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  26.13 
 
 
794 aa  120  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  24.03 
 
 
893 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  24.94 
 
 
502 aa  112  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  23.76 
 
 
709 aa  112  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  24.94 
 
 
508 aa  112  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  23.7 
 
 
703 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  21.52 
 
 
719 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  22.24 
 
 
695 aa  106  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  21.95 
 
 
695 aa  101  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  23.6 
 
 
701 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1428  hypothetical protein  20.46 
 
 
711 aa  98.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  22.96 
 
 
614 aa  95.9  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  25.08 
 
 
612 aa  95.1  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  22.8 
 
 
611 aa  94.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  22.21 
 
 
762 aa  93.6  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  24.28 
 
 
607 aa  93.2  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  23.33 
 
 
614 aa  92.8  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  24.45 
 
 
704 aa  92.8  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  23.04 
 
 
677 aa  92.4  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  23.79 
 
 
607 aa  92.4  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  23.44 
 
 
606 aa  91.7  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  24.28 
 
 
696 aa  92  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  23.82 
 
 
607 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  23.84 
 
 
607 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  25.51 
 
 
606 aa  89  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  21.25 
 
 
606 aa  87.8  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  23.23 
 
 
611 aa  86.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  22.65 
 
 
606 aa  84.3  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  22.01 
 
 
606 aa  84  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  23.15 
 
 
656 aa  83.2  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  21.36 
 
 
606 aa  82  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  22.83 
 
 
608 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  28.16 
 
 
826 aa  81.3  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  28.07 
 
 
604 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  21.5 
 
 
643 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1745  hypothetical protein  26.44 
 
 
482 aa  74.7  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  23.15 
 
 
640 aa  73.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1955  hypothetical protein  21.11 
 
 
1070 aa  70.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.574298  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  27.72 
 
 
609 aa  70.1  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  25.3 
 
 
611 aa  68.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0077  AsmA  33.33 
 
 
506 aa  65.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  25.25 
 
 
611 aa  65.9  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2178  AsmA family protein  24.1 
 
 
695 aa  65.1  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  22.2 
 
 
618 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  22.2 
 
 
618 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2657  AsmA  24.66 
 
 
737 aa  60.1  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  22.2 
 
 
618 aa  60.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  21.97 
 
 
618 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  21.97 
 
 
618 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1371  AsmA family protein  27.53 
 
 
1104 aa  57.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000870938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  23.08 
 
 
645 aa  57.8  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0854  AsmA family protein  22.36 
 
 
715 aa  56.2  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000187162  hitchhiker  0.00000372454 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  20.93 
 
 
617 aa  56.2  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  22.82 
 
 
649 aa  55.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.54 
 
 
617 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.352254 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  21.74 
 
 
618 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  21.74 
 
 
618 aa  55.1  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  21.74 
 
 
618 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  21.54 
 
 
617 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  21.48 
 
 
617 aa  53.5  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0212  hypothetical protein  22.89 
 
 
1217 aa  52.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0447715 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  23.08 
 
 
649 aa  51.6  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  22.81 
 
 
655 aa  51.2  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  21.57 
 
 
649 aa  51.2  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0763  AsmA family protein  23.6 
 
 
1070 aa  50.8  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.116181  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4857  AsmA family protein  22.86 
 
 
688 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000523424 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1682  hypothetical protein  23.2 
 
 
1095 aa  50.4  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.175691  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  23.48 
 
 
649 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0773  hypothetical protein  27.41 
 
 
740 aa  49.7  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0128597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  22.86 
 
 
688 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  25.35 
 
 
604 aa  49.7  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  22.7 
 
 
602 aa  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>