More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0235 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  72.98 
 
 		 786 aa  1098    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  93.57 
 
 		 778 aa  1485    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 778 aa  1584    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  76.88 
 
 		 767 aa  1174    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  64.32 
 
 		 790 aa  938    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  69.6 
 
 		 803 aa  1088    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  63.99 
 
 		 790 aa  938    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  46.09 
 
 		 771 aa  648    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  41.65 
 
 		 800 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  41.65 
 
 		 800 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2637  TonB-dependent receptor  40.68 
 
 		 773 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0144  TonB-dependent receptor  38.99 
 
 		 756 aa  503  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4329  TonB-dependent receptor  37.86 
 
 		 734 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.692193  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  34.99 
 
 		 835 aa  413  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 808 aa  405  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 814 aa  356  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  33.25 
 
 		 854 aa  333  5e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 815 aa  319  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 		 855 aa  314  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 720 aa  306  7e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 832 aa  305  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 873 aa  303  1e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 851 aa  298  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 848 aa  297  6e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2555  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 833 aa  281  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 741 aa  280  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  31.62 
 
 		 755 aa  280  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 761 aa  278  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  31.64 
 
 		 878 aa  276  8e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 764 aa  274  4.0000000000000004e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 780 aa  272  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 732 aa  252  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 794 aa  246  8e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 783 aa  245  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 757 aa  244  6e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 747 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 797 aa  240  6.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 798 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 710 aa  238  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 864 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  30.72 
 
 		 739 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 734 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 736 aa  233  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 796 aa  232  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 838 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 763 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 761 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 862 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 751 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 730 aa  224  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 780 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 777 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 769 aa  221  5e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 728 aa  220  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 797 aa  217  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 722 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 784 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 741 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 776 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 713 aa  214  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 788 aa  213  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 783 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 783 aa  212  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 730 aa  211  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0787  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 788 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.114604  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 815 aa  210  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1846  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 851 aa  209  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2420  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 777 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.180435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 764 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 763 aa  208  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 755 aa  207  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 860 aa  207  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 755 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 780 aa  207  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 773 aa  206  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  28.13 
 
 		 822 aa  205  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 771 aa  206  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 790 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 803 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 903 aa  204  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 771 aa  204  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 		 799 aa  204  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 722 aa  204  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 713 aa  203  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 750 aa  202  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 773 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 758 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 749 aa  202  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 758 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 690 aa  201  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 817 aa  201  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 730 aa  200  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 796 aa  200  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 723 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  27.53 
 
 		 715 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 748 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 733 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 690 aa  199  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 704 aa  198  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 790 aa  198  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>