198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0205 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  95.6 
 
 		 636 aa  1197    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  77.2 
 
 		 632 aa  974    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  78.33 
 
 		 632 aa  934    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  100 
 
 		 647 aa  1288    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  79.21 
 
 		 631 aa  997    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  69.26 
 
 		 633 aa  874    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  70.72 
 
 		 629 aa  819    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  94.13 
 
 		 647 aa  1204    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  68.94 
 
 		 652 aa  839    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  41.86 
 
 		 645 aa  444  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  38.64 
 
 		 653 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  41.17 
 
 		 657 aa  378  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  38.81 
 
 		 652 aa  360  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  38.1 
 
 		 653 aa  348  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  38.54 
 
 		 664 aa  342  8e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  37.74 
 
 		 642 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  35.35 
 
 		 637 aa  341  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  37.74 
 
 		 642 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  40.48 
 
 		 647 aa  340  5.9999999999999996e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  36.92 
 
 		 642 aa  338  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  38.14 
 
 		 640 aa  336  7e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  37.29 
 
 		 643 aa  334  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  38.04 
 
 		 640 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  34.31 
 
 		 652 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  34.2 
 
 		 683 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  35.87 
 
 		 644 aa  319  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  36.98 
 
 		 649 aa  301  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2017  iron permease FTR1  34.67 
 
 		 413 aa  171  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00650927  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0160  iron permease FTR1 family protein  33.42 
 
 		 572 aa  160  7e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.31653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0822  iron permease FTR1  33.42 
 
 		 396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1783  iron permease FTR1  35.89 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.498306  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0433  fumarate hydratase class II (fumarase C)  29.86 
 
 		 646 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000013758  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  37.56 
 
 		 254 aa  135  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2252  iron permease FTR1  30.35 
 
 		 639 aa  133  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0450  FTR1 family iron permease  26.99 
 
 		 679 aa  133  7.999999999999999e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000168197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2141  FTR1 family iron permease  30.35 
 
 		 639 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2132  FTR1 family iron permease  30.35 
 
 		 639 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0517239 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0763  superoxide dismutase  29.04 
 
 		 647 aa  131  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.745778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1385  iron permease FTR1  35.62 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1255  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  28.16 
 
 		 603 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1510  hypothetical protein  30.6 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000353289  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0524  FTR1 family iron permease  27.15 
 
 		 637 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.210875  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2809  Iron permease FTR1  29.87 
 
 		 660 aa  120  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2443  iron permease FTR1  32.4 
 
 		 399 aa  107  6e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1170  iron permease, FTR1 family  28.94 
 
 		 691 aa  107  9e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.900718  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1022  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  27.59 
 
 		 556 aa  106  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1830  FTR1 family iron permease  28.46 
 
 		 696 aa  102  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2018  FTR1 family iron permease  29.63 
 
 		 696 aa  102  3e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1649  FTR1 family iron permease  28.46 
 
 		 696 aa  101  5e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5728  iron permease FTR1  28.57 
 
 		 846 aa  96.3  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.348131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0393  hypothetical protein  26.14 
 
 		 570 aa  94.7  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0403  hypothetical protein  26.14 
 
 		 570 aa  94.7  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0820  iron permease FTR1  31.4 
 
 		 782 aa  92.8  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.594209  hitchhiker  0.0000623566 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2435  iron permease FTR1  27.85 
 
 		 743 aa  91.3  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2692  iron permease FTR1  33.33 
 
 		 273 aa  90.9  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0468  iron permease FTR1  26.71 
 
 		 820 aa  82.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.402804  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4468  iron permease FTR1  28.72 
 
 		 779 aa  81.3  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.390175  normal  0.0190609 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  29.92 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  27.81 
 
 		 702 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  27.81 
 
 		 702 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1870  iron permease FTR1  29.67 
 
 		 417 aa  72  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2612  iron permease FTR1  24.23 
 
 		 308 aa  70.1  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000110205  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3348  iron permease FTR1  30.54 
 
 		 677 aa  70.1  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4287  iron permease FTR1  29.31 
 
 		 290 aa  69.7  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.486354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4913  iron permease FTR1  30.43 
 
 		 579 aa  68.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0188  iron permease FTR1  31.44 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0228999 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25520  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  29.66 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0297463  normal  0.133563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4136  cytochrome c class I  38.04 
 
 		 286 aa  66.6  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2330  High-affinity Fe2+/Pb2+ permease-like protein  28.78 
 
 		 325 aa  67  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00178906  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5686  iron permease FTR1  30.88 
 
 		 287 aa  65.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.435606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1954  iron permease FTR1  30.51 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.860822  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1914  iron permease FTR1  34.62 
 
 		 281 aa  65.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.347806 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1733  iron permease FTR1  28.76 
 
 		 304 aa  63.5  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.997501  normal  0.21644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3367  Iron permease FTR1  31.58 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.226405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  37.8 
 
 		 151 aa  62  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2929  iron permease FTR1  31.63 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00359497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  30.37 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1660  iron permease FTR1  30.21 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1936  iron permease FTR1  33.18 
 
 		 279 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0480645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3898  iron permease FTR1  27.8 
 
 		 537 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  30.08 
 
 		 339 aa  60.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2959  cytochrome c class I  30.22 
 
 		 571 aa  59.7  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3596  hypothetical protein  31.51 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7009  iron permease FTR1  33.49 
 
 		 291 aa  58.9  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103758  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3323  iron permease FTR1  32.23 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6394  hypothetical protein  37.61 
 
 		 687 aa  57.8  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0435  hypothetical protein  31.71 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2872  Iron permease FTR1  30.18 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121627  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1777  iron permease FTR1  31.15 
 
 		 691 aa  57.4  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01019  putative membrane protein  28.44 
 
 		 279 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.348057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1136  FTR1 family iron permease  28.44 
 
 		 276 aa  57  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.161686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2106  iron permease FTR1 family protein  29.72 
 
 		 276 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.178558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0839  iron permease FTR1  23.79 
 
 		 308 aa  57  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1132  iron permease FTR1 family protein  28.44 
 
 		 276 aa  57  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0198612  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2579  FTR1 family protein  28.44 
 
 		 276 aa  57  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0388425 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1258  iron permease FTR1 family protein  28.44 
 
 		 276 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.20725  normal  0.52486 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01026  hypothetical protein  28.44 
 
 		 276 aa  57  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.377125  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2597  Iron permease FTR1  27.39 
 
 		 290 aa  56.2  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3143  iron permease FTR1  28.3 
 
 		 281 aa  55.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  33.94 
 
 		 296 aa  55.5  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>