More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0183 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  97.99 
 
 		 648 aa  1244    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  60.77 
 
 		 650 aa  719    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.19 
 
 		 650 aa  732    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  56.5 
 
 		 650 aa  723    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.04 
 
 		 648 aa  999    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.95 
 
 		 650 aa  731    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  60 
 
 		 650 aa  722    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 648 aa  1301    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.75 
 
 		 648 aa  1187    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.84 
 
 		 648 aa  1243    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.05 
 
 		 637 aa  362  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.76 
 
 		 637 aa  345  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.45 
 
 		 637 aa  339  9e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.26 
 
 		 663 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.69 
 
 		 642 aa  310  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.76 
 
 		 639 aa  300  6e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.47 
 
 		 645 aa  297  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.5 
 
 		 639 aa  296  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 		 638 aa  289  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.36 
 
 		 645 aa  279  1e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.23 
 
 		 649 aa  273  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.09 
 
 		 635 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 		 703 aa  252  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.01 
 
 		 632 aa  249  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.45 
 
 		 640 aa  234  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  26.53 
 
 		 627 aa  233  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 		 663 aa  230  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 654 aa  228  2e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  26.24 
 
 		 641 aa  223  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 		 640 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.12 
 
 		 696 aa  209  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.57 
 
 		 636 aa  204  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.57 
 
 		 639 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.88 
 
 		 639 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 		 640 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.4 
 
 		 639 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.54 
 
 		 649 aa  196  1e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.4 
 
 		 639 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.4 
 
 		 639 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.54 
 
 		 649 aa  195  2e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.25 
 
 		 639 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.2 
 
 		 639 aa  193  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 		 639 aa  192  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 		 639 aa  192  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.29 
 
 		 640 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 		 640 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 		 640 aa  187  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 		 639 aa  187  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 		 640 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 		 632 aa  182  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.67 
 
 		 639 aa  180  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 		 738 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.29 
 
 		 634 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 		 634 aa  172  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.55 
 
 		 634 aa  170  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 		 634 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 		 634 aa  167  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.04 
 
 		 640 aa  167  6.9999999999999995e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 		 644 aa  165  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.28 
 
 		 634 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.06 
 
 		 634 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.95 
 
 		 806 aa  163  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.28 
 
 		 634 aa  161  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.57 
 
 		 673 aa  160  8e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.7 
 
 		 634 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 		 642 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23 
 
 		 634 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.99 
 
 		 631 aa  158  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.14 
 
 		 632 aa  157  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  28.09 
 
 		 656 aa  156  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.82 
 
 		 658 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.05 
 
 		 994 aa  155  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 		 469 aa  153  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.29 
 
 		 587 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.03 
 
 		 800 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.54 
 
 		 951 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.7 
 
 		 820 aa  147  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.61 
 
 		 638 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.47 
 
 		 646 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  28.51 
 
 		 823 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.59 
 
 		 698 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  27.98 
 
 		 818 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 623 aa  146  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.17 
 
 		 769 aa  146  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.05 
 
 		 979 aa  144  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.18 
 
 		 942 aa  144  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  27.37 
 
 		 817 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  29.67 
 
 		 571 aa  140  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  24.85 
 
 		 635 aa  140  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.87 
 
 		 960 aa  140  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  30.91 
 
 		 1245 aa  140  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  30.37 
 
 		 1245 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.6 
 
 		 665 aa  139  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.86 
 
 		 817 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.1 
 
 		 577 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  27.46 
 
 		 635 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  27.94 
 
 		 1076 aa  138  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 		 918 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>