More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0174 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  94.75 
 
 		 305 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 305 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  90.85 
 
 		 302 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  83.11 
 
 		 299 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  82.49 
 
 		 328 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  81.08 
 
 		 306 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  77.63 
 
 		 302 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  76.69 
 
 		 298 aa  461  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  62.63 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  64.41 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  55.37 
 
 		 302 aa  322  7e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  53.5 
 
 		 317 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 299 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 310 aa  295  5e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 317 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 316 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 317 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  46.13 
 
 		 296 aa  245  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  43.39 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.2 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 292 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 305 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 326 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 310 aa  228  7e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  40.2 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  44.1 
 
 		 300 aa  222  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.75 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  43.2 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 329 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.37 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 343 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>