More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0162 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0162  integral membrane protein TerC  100 
 
 
256 aa  514  1e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0164  integral membrane protein TerC  96.88 
 
 
256 aa  480  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0146  integral membrane protein TerC  96.88 
 
 
265 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5081  integral membrane protein TerC  93.36 
 
 
256 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0792895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0032  integral membrane protein TerC  88.28 
 
 
255 aa  438  1e-122  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43134  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6267  hypothetical protein  86.33 
 
 
254 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72180  putative membrane protein TerC  87.89 
 
 
254 aa  404  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.559812  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49600  Integral membrane protein TerC family  84.38 
 
 
248 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69320  putative integral membrane transport protein  76.77 
 
 
252 aa  334  7e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5995  hypothetical protein  76.77 
 
 
252 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47510  integral membrane protein  69.8 
 
 
252 aa  332  5e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3292  integral membrane protein TerC  59.06 
 
 
248 aa  294  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.604318 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0299  hypothetical protein  59.06 
 
 
251 aa  292  4e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.481455  hitchhiker  7.10089e-05 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1919  Integral membrane protein TerC  59.29 
 
 
253 aa  286  3e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.996169 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0238  integral membrane protein TerC  59.76 
 
 
252 aa  281  6e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.606793  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3668  integral membrane protein TerC  60 
 
 
259 aa  279  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.424271  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0026  protein YegH  58.16 
 
 
238 aa  278  5e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1686  TerC protein  56.2 
 
 
239 aa  278  7e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1926  integral membrane protein TerC  56.75 
 
 
249 aa  277  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.615249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1782  integral membrane protein TerC  57.72 
 
 
248 aa  275  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.72493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2223  Integral membrane protein TerC  58.27 
 
 
259 aa  274  9e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2105  integral membrane protein TerC  57.54 
 
 
250 aa  273  1e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1936  Integral membrane protein TerC  55.74 
 
 
250 aa  273  2e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00215857  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0655  Integral membrane protein TerC  54.3 
 
 
253 aa  273  2e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2187  Integral membrane protein TerC  61.57 
 
 
245 aa  271  9e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.574145  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0052  integral membrane protein TerC  54.62 
 
 
253 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.418667 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2234  integral membrane protein TerC  54.55 
 
 
247 aa  269  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1787  S-adenosylmethionine synthetase (methionineadenosyltransferase; AdoMet synthetase; MAT)  56.96 
 
 
241 aa  268  5e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1180  integral membrane protein TerC  59.18 
 
 
241 aa  267  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  8.73859e-07 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1505  protein YegH  55.88 
 
 
246 aa  266  3e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  6.14006e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0038  Integral membrane protein TerC  56.33 
 
 
249 aa  264  9e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2706  integral membrane protein TerC  56.18 
 
 
255 aa  264  1e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  2.4631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2281  Integral membrane protein TerC  54.37 
 
 
250 aa  261  7e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.95379e-06 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0899  integral membrane protein TerC  56.91 
 
 
257 aa  260  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  4.07273e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0901  Integral membrane protein TerC  56.07 
 
 
238 aa  260  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00975959  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1753  hypothetical protein  58.43 
 
 
253 aa  259  3e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0786  integral membrane protein TerC  57.94 
 
 
253 aa  259  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0111606  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0273  integral membrane protein TerC  55.98 
 
 
241 aa  258  8e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4229  Integral membrane protein TerC  54.48 
 
 
264 aa  257  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0769944  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2490  Integral membrane protein TerC  58.17 
 
 
251 aa  254  9e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2160  integral membrane protein TerC  56.25 
 
 
249 aa  254  1e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1601  integral membrane protein TerC  51.79 
 
 
250 aa  253  2e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3020  Integral membrane protein TerC  56.14 
 
 
238 aa  251  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000258386  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4909  Integral membrane protein TerC  59.39 
 
 
250 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.240908  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1788  hypothetical protein  60.56 
 
 
254 aa  249  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.377991 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4337  Integral membrane protein TerC  54.8 
 
 
295 aa  249  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1505  integral membrane protein TerC  55.74 
 
 
244 aa  248  9e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0656  Integral membrane protein TerC  53.04 
 
 
249 aa  247  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0892415  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2148  Integral membrane protein TerC  48.41 
 
 
250 aa  246  2e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  0.0306348 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2087  Integral membrane protein TerC  58.57 
 
 
248 aa  246  2e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1356  integral membrane protein TerC  55.88 
 
 
255 aa  245  5e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.764248  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1336  TerC family membrane protein  56.1 
 
 
245 aa  244  1e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.120091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3200  Integral membrane protein TerC  55.88 
 
 
238 aa  244  1e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3153  protein YegH  57.89 
 
 
237 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.96217e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3234  hypothetical protein  57.89 
 
 
237 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00228616  hitchhiker  9.95784e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3219  hypothetical protein  57.89 
 
 
237 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0516172  hitchhiker  0.00113241 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3334  hypothetical protein  57.89 
 
 
237 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00486837  hitchhiker  0.00634804 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3171  protein YegH  57.89 
 
 
237 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00710454  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02641  hypothetical protein  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  4.21681e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3030  integral membrane protein, TerC family  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.30968e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0883  integral membrane protein TerC  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0104396  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2980  TerC family integral membrane protein  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.9602e-05  normal  0.0103566 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02680  predicted inner membrane protein  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  4.74889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2979  TerC family integral membrane protein  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.02037e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0858  Integral membrane protein TerC  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83082e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3152  TerC family integral membrane protein  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.51436e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4099  integral membrane protein, TerC family  57.46 
 
 
237 aa  241  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.2685e-06  hitchhiker  0.00127098 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0055  Integral membrane protein TerC  54.66 
 
 
253 aa  239  3e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0067  Integral membrane protein TerC  54.7 
 
 
253 aa  238  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.645865  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0051  integral membrane protein TerC  53.81 
 
 
253 aa  237  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.653903  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5729  Integral membrane protein TerC  57.42 
 
 
249 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2806  integral membrane protein TerC  48.99 
 
 
242 aa  236  4e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.225648  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3826  integral membrane protein TerC  56.22 
 
 
238 aa  234  7e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  6.78399e-05  normal  0.474132 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3418  Integral membrane protein TerC  47.35 
 
 
249 aa  234  1e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.232908  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0314  inner membrane protein  48.32 
 
 
251 aa  233  2e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00210653  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9165  integral membrane protein TerC  56.18 
 
 
254 aa  232  4e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.870486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3248  integral membrane protein TerC  47.35 
 
 
250 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.152861  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2445  integral membrane protein TerC  47.35 
 
 
250 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3180  integral membrane protein TerC  46.94 
 
 
250 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.492128  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1471  integral membrane protein, TerC family  54.15 
 
 
240 aa  229  4e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.848938  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1627  Integral membrane protein TerC  51.88 
 
 
256 aa  228  5e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.189416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2424  integral membrane protein TerC  46.96 
 
 
252 aa  228  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.350299  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3874  integral membrane protein TerC  46.35 
 
 
253 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3527  integral membrane protein TerC  46.94 
 
 
250 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.16998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2082  membrane protein, TerC family/CBS/transporter associated domain protein  43.66 
 
 
516 aa  225  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.29507e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1817  integral membrane protein TerC  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.770392  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1372  TerC family/CBS/transporter associated domain-containing protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0696189  normal  0.0303689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1827  Integral membrane protein TerC  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01786  fused predicted membrane protein/conserved protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2545  membrane protein, TerC family/CBS/transporter associated domain protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000249241  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1906  TerC family/CBS/transporter associated domain-containing protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.47451e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2044  TerC family/CBS/transporter associated domain-containing protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00018059  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01774  hypothetical protein  43.66 
 
 
518 aa  225  5e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1942  integral membrane protein TerC  48.94 
 
 
247 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0501852  hitchhiker  0.0073147 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0779  integral membrane protein TerC  48.54 
 
 
251 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2677  integral membrane protein TerC  46.96 
 
 
527 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1725  Integral membrane protein TerC  50.81 
 
 
268 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2868  Integral membrane protein TerC  46.29 
 
 
529 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1260  integral membrane protein TerC  48.54 
 
 
251 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0447301  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1293  Integral membrane protein TerC  44.98 
 
 
528 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>