More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0158 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0142  hypothetical protein  95.76 
 
 
377 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5085  hypothetical protein  92.57 
 
 
377 aa  688    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0158  hypothetical protein  100 
 
 
377 aa  754    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.692711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0160  hypothetical protein  96.02 
 
 
377 aa  704    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0037  hypothetical protein  77.98 
 
 
382 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151467  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1915  ABC transporter permease  69.19 
 
 
381 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22680  putative permease of ABC transporter  68.65 
 
 
381 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00590843 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1154  protein of unknown function DUF140  61.93 
 
 
385 aa  442  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.201418  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04780  ABC transporter protein  62.3 
 
 
382 aa  443  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1197  hypothetical protein  63.89 
 
 
382 aa  434  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0373  hypothetical protein  63.64 
 
 
379 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1612  hypothetical protein  57.53 
 
 
384 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1839  hypothetical protein  55.49 
 
 
376 aa  365  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03183  ABC transporter permease  49.73 
 
 
370 aa  343  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0579  hypothetical protein  48.75 
 
 
396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0199346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0628  ABC transporter permease  48.47 
 
 
372 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000296062  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0524  protein of unknown function DUF140  48.37 
 
 
373 aa  316  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.830766  normal  0.234341 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2512  hypothetical protein  46.98 
 
 
387 aa  308  8e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0475648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2004  hypothetical protein  43.87 
 
 
384 aa  282  7.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2050  hypothetical protein  47.35 
 
 
384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.449343 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2342  hypothetical protein  42.18 
 
 
406 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.95036  hitchhiker  0.00549832 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1720  hypothetical protein  43.6 
 
 
366 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3564  hypothetical protein  46.35 
 
 
371 aa  269  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.777285  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2809  ABC transporter, inner membrane subunit  44.09 
 
 
366 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.59078  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1489  hypothetical protein  44.09 
 
 
366 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.453578 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2317  hypothetical protein  44.62 
 
 
364 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1978  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1505  protein of unknown function DUF140  44.34 
 
 
430 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4485  protein of unknown function DUF140  41.32 
 
 
383 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1452  hypothetical protein  41.16 
 
 
377 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1636  hypothetical protein  41.16 
 
 
383 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1627  hypothetical protein  41.44 
 
 
383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.908289  normal  0.63791 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1315  hypothetical protein  42.27 
 
 
377 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5557  putative ABC transporter (permease protein)  40.6 
 
 
377 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.396746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1681  hypothetical protein  38.48 
 
 
383 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0481  hypothetical protein  39.66 
 
 
368 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248573  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5005  hypothetical protein  42.28 
 
 
344 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238199  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3500  hypothetical protein  39.94 
 
 
376 aa  245  6.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.344579 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1224  ABC transporter, permease protein  38.69 
 
 
377 aa  240  2e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4043  hypothetical protein  40.79 
 
 
378 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0741  ABC transporter permease protein  38.69 
 
 
377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2742  hypothetical protein  37.86 
 
 
365 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0803519 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0891  hypothetical protein  39.57 
 
 
382 aa  236  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.509725  normal  0.250825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0851  protein of unknown function DUF140  40.4 
 
 
381 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0177985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0817  protein of unknown function DUF140  39.57 
 
 
382 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000758551  normal  0.202009 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1373  hypothetical protein  38.2 
 
 
378 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0102  protein of unknown function DUF140  36.02 
 
 
376 aa  235  8e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2845  hypothetical protein  41.81 
 
 
372 aa  235  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1205  hypothetical protein  39.38 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.111508 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1921  hypothetical protein  39.08 
 
 
388 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1528  hypothetical protein  35.79 
 
 
373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0117  putative ABC transporter, permease protein (DUF140 domain protein)  34.76 
 
 
370 aa  230  3e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.591838  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1952  hypothetical protein  39.73 
 
 
384 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0257894  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1353  hypothetical protein  37.1 
 
 
378 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4113  hypothetical protein  39.15 
 
 
474 aa  229  8e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.130489  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5750  putative ABC transporter (permease protein)  37.1 
 
 
378 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.728417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4717  protein of unknown function DUF140  36.13 
 
 
382 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.819225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1540  hypothetical protein  36.02 
 
 
395 aa  227  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3668  hypothetical protein  39.3 
 
 
377 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0702453 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0092  MTA/SAH nucleosidase  36.16 
 
 
368 aa  224  2e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0905172  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2195  protein of unknown function DUF140  38.81 
 
 
394 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130725  normal  0.119918 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4961  protein of unknown function DUF140  43.6 
 
 
386 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.77669  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2807  protein of unknown function DUF140  38.68 
 
 
379 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4933  hypothetical protein  41.23 
 
 
394 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0419987  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1358  protein of unknown function DUF140  36.56 
 
 
413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1433  stas domain-containing protein  38.7 
 
 
368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.102521  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1893  ABC transporter membrane spanning protein  37.08 
 
 
376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.228416  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1984  protein of unknown function DUF140  38.4 
 
 
383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0987368  normal  0.622106 
 
 
-
 
NC_004310  BR1019  toulene ABC transporter, permease protein, putative  36.75 
 
 
391 aa  212  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1818  ABC transporter, permease protein, putative  35.21 
 
 
369 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1637  ABC transporter, permease protein, putative  35.21 
 
 
369 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0577  ABC transport system permease  39.72 
 
 
367 aa  211  2e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2006  ABC transporter permease  34.93 
 
 
369 aa  209  9e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0986  putative toulene ABC transporter, permease protein  36.99 
 
 
365 aa  209  9e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0247  ABC transport system permease protein  44.69 
 
 
364 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2025  hypothetical protein  37.46 
 
 
374 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2030  hypothetical protein  37.14 
 
 
374 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0468  protein of unknown function DUF140  33.42 
 
 
380 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0378  protein of unknown function DUF140  35.6 
 
 
370 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1322  protein of unknown function DUF140  35.47 
 
 
382 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.619547  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2107  hypothetical protein  36.98 
 
 
391 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1494  protein of unknown function DUF140  35.6 
 
 
375 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000338364  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1554  hypothetical protein  34.79 
 
 
379 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.126304 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2910  hypothetical protein  33.94 
 
 
374 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2901  hypothetical protein  34.04 
 
 
447 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.371031  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6243  ABC transporter, inner membrane subunit  33.42 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4625  hypothetical protein  40.73 
 
 
376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.306336  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0168  protein of unknown function DUF140  33.52 
 
 
374 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.710497 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0175  protein of unknown function DUF140  33.52 
 
 
374 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0313  hypothetical protein  33.8 
 
 
374 aa  182  6e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0365  hypothetical protein  35.47 
 
 
376 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3917  hypothetical protein  34.53 
 
 
376 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.843162  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0306  hypothetical protein  33.07 
 
 
375 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45629  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0205  hypothetical protein  32.72 
 
 
379 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2812  hypothetical protein  32.64 
 
 
374 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221535  normal  0.381774 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1981  hypothetical protein  33.33 
 
 
378 aa  179  9e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2950  hypothetical protein  32.64 
 
 
374 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2749  ABC-type transport system, permease component  39.38 
 
 
386 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0798  protein of unknown function DUF140  31.88 
 
 
378 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.737521  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0648  ABC transporter, permease protein, putative  31.88 
 
 
378 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0299  protein of unknown function DUF140  41.13 
 
 
388 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.675312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>