More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0146 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  98.68 
 
 
535 aa  1066    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  99.06 
 
 
535 aa  1066    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  69.33 
 
 
538 aa  738    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  100 
 
 
532 aa  1073    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  92.11 
 
 
542 aa  946    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  38.48 
 
 
529 aa  303  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  37.33 
 
 
523 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  34.67 
 
 
530 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  34.57 
 
 
520 aa  270  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  35.05 
 
 
530 aa  270  7e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.49 
 
 
516 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.49 
 
 
516 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  37.58 
 
 
537 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.49 
 
 
516 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.49 
 
 
516 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  46.42 
 
 
538 aa  256  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.93 
 
 
516 aa  254  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  31.39 
 
 
525 aa  249  8e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  33.97 
 
 
522 aa  249  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  33.02 
 
 
530 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.41 
 
 
516 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  31.3 
 
 
516 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  31.3 
 
 
516 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.1 
 
 
518 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.1 
 
 
516 aa  240  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.3 
 
 
518 aa  240  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  47.94 
 
 
374 aa  239  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  31.23 
 
 
516 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.41 
 
 
498 aa  236  9e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  32.72 
 
 
522 aa  226  9e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  46.51 
 
 
516 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.42 
 
 
533 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  46.51 
 
 
533 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  46.51 
 
 
533 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  46.51 
 
 
533 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  46.67 
 
 
528 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  43.65 
 
 
528 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  43.65 
 
 
528 aa  210  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  43.65 
 
 
528 aa  211  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  43.65 
 
 
528 aa  211  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  43.65 
 
 
528 aa  210  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  43.65 
 
 
528 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  40.59 
 
 
406 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  30.08 
 
 
544 aa  210  6e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  43.25 
 
 
528 aa  209  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  42.63 
 
 
528 aa  208  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  28.12 
 
 
538 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.04 
 
 
533 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  39.22 
 
 
687 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  38.82 
 
 
686 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.83 
 
 
818 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  31.11 
 
 
536 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.15 
 
 
818 aa  183  6e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  32.06 
 
 
516 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  41.34 
 
 
1346 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  39.92 
 
 
683 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4487  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.16 
 
 
683 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 
711 aa  181  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1789  EAL domain protein  36.1 
 
 
524 aa  178  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.302029  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 
693 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
694 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.62 
 
 
585 aa  178  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0160579 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
683 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  39.52 
 
 
705 aa  177  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.19 
 
 
646 aa  176  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  36.99 
 
 
489 aa  176  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.49 
 
 
683 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.94 
 
 
1076 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3335  EAL domain protein  27.52 
 
 
540 aa  176  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.15 
 
 
646 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.3 
 
 
921 aa  175  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.75 
 
 
646 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.08 
 
 
549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.65 
 
 
871 aa  174  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.75 
 
 
646 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  38.82 
 
 
638 aa  173  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  38.76 
 
 
1141 aa  174  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  36.4 
 
 
865 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  40.08 
 
 
1410 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  41.67 
 
 
1245 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  40.08 
 
 
1415 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  41.67 
 
 
1245 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0606  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.6 
 
 
593 aa  172  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533599  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.8 
 
 
650 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
689 aa  172  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2447  signal transduction protein  42.19 
 
 
965 aa  172  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.936876  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.65 
 
 
645 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.78 
 
 
685 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  37.98 
 
 
586 aa  171  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  38.43 
 
 
1274 aa  171  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.54 
 
 
1117 aa  171  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238259  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.74 
 
 
862 aa  171  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  35.66 
 
 
792 aa  171  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  39.36 
 
 
531 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
796 aa  170  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  38.7 
 
 
526 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
692 aa  170  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.31 
 
 
821 aa  170  7e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.4 
 
 
644 aa  170  7e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.4 
 
 
644 aa  170  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0290676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>