More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0085 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  94.25 
 
 		 365 aa  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  96.16 
 
 		 365 aa  694    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 365 aa  722    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  89.86 
 
 		 365 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  69.64 
 
 		 366 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  69.19 
 
 		 394 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  68.73 
 
 		 372 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  69.29 
 
 		 368 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  70.52 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  69.19 
 
 		 362 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  68.82 
 
 		 362 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  43.55 
 
 		 399 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  52.94 
 
 		 320 aa  271  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  46.61 
 
 		 377 aa  270  4e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  46.34 
 
 		 375 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  48.92 
 
 		 379 aa  268  8e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  50.71 
 
 		 308 aa  267  2.9999999999999995e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  47.08 
 
 		 388 aa  265  8e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.65 
 
 		 368 aa  262  8e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  47.02 
 
 		 336 aa  261  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  46.4 
 
 		 372 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  45.96 
 
 		 364 aa  256  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  45.13 
 
 		 377 aa  255  7e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  44.88 
 
 		 379 aa  255  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  45.45 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  46.52 
 
 		 365 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  46.52 
 
 		 365 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  45.58 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  44.77 
 
 		 374 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  44.9 
 
 		 369 aa  249  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  45.53 
 
 		 384 aa  248  9e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  49.22 
 
 		 358 aa  246  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  46.76 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  47.32 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  41.79 
 
 		 361 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 		 374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 		 374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  49.32 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  49.32 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  48.99 
 
 		 374 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  47.52 
 
 		 361 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  50.17 
 
 		 401 aa  240  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  49.5 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  45.28 
 
 		 373 aa  238  8e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  43.75 
 
 		 381 aa  236  6e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  43.75 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  41.06 
 
 		 377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  44.76 
 
 		 386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.69 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  51.04 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  46.71 
 
 		 374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  48.88 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 		 389 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  42.94 
 
 		 368 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  45.28 
 
 		 311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  44.97 
 
 		 383 aa  233  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  47.59 
 
 		 374 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 338 aa  232  9e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 374 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 374 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 374 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 374 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  49.16 
 
 		 401 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  42.5 
 
 		 386 aa  228  9e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  42.69 
 
 		 358 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  46.39 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 373 aa  227  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  43.83 
 
 		 402 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  46.39 
 
 		 338 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 373 aa  227  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 434 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  46.1 
 
 		 399 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  46.39 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  49.01 
 
 		 387 aa  226  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  42.39 
 
 		 408 aa  226  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 434 aa  226  7e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  44.25 
 
 		 405 aa  226  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  47.01 
 
 		 377 aa  225  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 434 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  55.41 
 
 		 434 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  42.93 
 
 		 371 aa  225  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 434 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  54.95 
 
 		 433 aa  225  9e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  55.41 
 
 		 396 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  55.41 
 
 		 396 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  44.86 
 
 		 331 aa  225  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  49.44 
 
 		 448 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  50.9 
 
 		 421 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  43.24 
 
 		 405 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  44.18 
 
 		 368 aa  223  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  45.7 
 
 		 338 aa  222  7e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  49.44 
 
 		 373 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  43.06 
 
 		 379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>