34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0080 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0080  tetratricopeptide domain-containing protein  100 
 
 		 102 aa  206  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.163561  hitchhiker  0.00000000000757426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0083  TPR repeat-containing protein  98.02 
 
 		 102 aa  201  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  hitchhiker  0.0000000163177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0064  TPR domain-containing protein  96.08 
 
 		 104 aa  200  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0080  TPR repeat-containing protein  96.08 
 
 		 104 aa  200  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0051  TPR repeat-containing protein  73 
 
 		 104 aa  148  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0013  hypothetical protein  75.25 
 
 		 104 aa  147  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00540742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00160  TPR repeat-containing protein  70.59 
 
 		 105 aa  147  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0015  TPR domain-containing protein  72.55 
 
 		 104 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46510  hypothetical protein  69.31 
 
 		 107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0247352  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2284  TPR repeat-containing protein  61.62 
 
 		 112 aa  124  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0435427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0204  TPR repeat-containing protein  52.48 
 
 		 110 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0438861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0023  TPR repeat-containing protein  52.53 
 
 		 111 aa  97.1  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.727906  normal  0.110544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0354  TPR repeat-containing protein  50.51 
 
 		 108 aa  93.2  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2621  TPR repeat-containing protein  46.53 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4712  hypothetical protein  48.51 
 
 		 108 aa  80.9  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.658591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3205  tetratricopeptide TPR_2  36.36 
 
 		 111 aa  70.1  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2265  TPR repeat-containing protein  44.55 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.073962 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3592  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 109 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  35.9 
 
 		 260 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3565  hypothetical protein  29.67 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.65733  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3633  hypothetical protein  29.67 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3481  hypothetical protein  28.57 
 
 		 111 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  32 
 
 		 436 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1242  TPR repeat-containing protein  34 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.38 
 
 		 557 aa  43.5  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43936  antiviral protein  39.62 
 
 		 1413 aa  42.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  30.77 
 
 		 262 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.84 
 
 		 262 aa  42  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.34 
 
 		 262 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.34 
 
 		 262 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0990  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.55 
 
 		 410 aa  40.8  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113297  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01282  glutamine-rich cytoplasmic protein (Eurofung)  31.58 
 
 		 347 aa  40.8  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.271193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.27 
 
 		 261 aa  40.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  26.32 
 
 		 3301 aa  40.4  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>