38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0066 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0066  hypothetical protein  100 
 
 
135 aa  276  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00784135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0066  hypothetical protein  93.33 
 
 
135 aa  263  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00326419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0050  hypothetical protein  93.33 
 
 
135 aa  263  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0069  integral membrane protein-like protein  72.34 
 
 
141 aa  202  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.494759  hitchhiker  0.00000146869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1530  hypothetical protein  44.03 
 
 
131 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526025  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0059  hypothetical protein  47.37 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2431  integral membrane protein-like  32.86 
 
 
144 aa  72  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2225  integral membrane protein-like protein  33.58 
 
 
126 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283133  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2345  integral membrane protein-like protein  33.58 
 
 
126 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0132  hypothetical protein  36.54 
 
 
156 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1709  putative transmembrane signal peptide protein  29.79 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.620004  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0992  hypothetical protein  33.58 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.105139  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1052  hypothetical protein  32.06 
 
 
126 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0816  hypothetical protein  32.06 
 
 
126 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1206  hypothetical protein  32.06 
 
 
126 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1214  hypothetical protein  32.06 
 
 
126 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0933096  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1904  hypothetical protein  32.06 
 
 
237 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4581  integral membrane protein-like protein  36.64 
 
 
122 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.391176 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2562  putative transmembrane signal peptide protein  31.34 
 
 
112 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0712  putative secreted protein  44.07 
 
 
132 aa  60.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0174617  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5648  integral membrane protein-like  33.65 
 
 
126 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0972  integral membrane protein-like protein  38.98 
 
 
162 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0815  hypothetical protein  34.06 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.591004 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0832  integral membrane protein  43.33 
 
 
167 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.147282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2721  hypothetical protein  34.29 
 
 
102 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.079444  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2306  integral membrane protein-like protein  37.29 
 
 
130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2329  integral membrane protein-like protein  37.29 
 
 
130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.586195  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1694  integral membrane protein-like  37.29 
 
 
130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1807  integral membrane protein-like  29.53 
 
 
153 aa  51.6  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105651  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2386  hypothetical protein  31.46 
 
 
108 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1525  hypothetical protein  35.71 
 
 
171 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.478461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2418  hypothetical protein  47.06 
 
 
176 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00537  hypothetical protein  36.21 
 
 
131 aa  47.4  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0791378  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0471  hypothetical protein  28.87 
 
 
115 aa  45.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0540  hypothetical protein  28.87 
 
 
115 aa  45.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3217  hypothetical protein  34.48 
 
 
100 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2257  hypothetical protein  37.29 
 
 
115 aa  43.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2506  lipoprotein, putative  31.58 
 
 
102 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0591914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>