More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0058 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  99.76 
 
 		 416 aa  830    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 416 aa  833    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  99.76 
 
 		 416 aa  830    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  99.76 
 
 		 416 aa  830    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  68.51 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  68.27 
 
 		 404 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  61.86 
 
 		 424 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  61.07 
 
 		 422 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  68.27 
 
 		 404 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  60.1 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  58.47 
 
 		 484 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  58.47 
 
 		 484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  52.67 
 
 		 421 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  56.4 
 
 		 520 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  50.61 
 
 		 407 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  56.4 
 
 		 520 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  54.49 
 
 		 538 aa  376  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  50.48 
 
 		 401 aa  375  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.29 
 
 		 433 aa  364  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  46.39 
 
 		 459 aa  355  6.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  45.8 
 
 		 456 aa  354  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  51.33 
 
 		 484 aa  347  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  48.97 
 
 		 416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  49.16 
 
 		 491 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  48.88 
 
 		 489 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  48.88 
 
 		 489 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  48.88 
 
 		 489 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  48.6 
 
 		 488 aa  332  8e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  52.8 
 
 		 404 aa  331  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  51.76 
 
 		 491 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  328  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  51.32 
 
 		 516 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  51.03 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  47.7 
 
 		 410 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  48.04 
 
 		 503 aa  317  3e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.09 
 
 		 531 aa  308  9e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  43.59 
 
 		 502 aa  292  9e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  41.43 
 
 		 400 aa  276  4e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  39.6 
 
 		 509 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 459 aa  256  6e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.82 
 
 		 454 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.76 
 
 		 457 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  33.88 
 
 		 423 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.37 
 
 		 454 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 459 aa  209  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.4 
 
 		 428 aa  206  8e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.79 
 
 		 427 aa  205  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.85 
 
 		 400 aa  196  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 424 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 398 aa  190  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 399 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  31.76 
 
 		 418 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  36.08 
 
 		 389 aa  180  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 		 459 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  35.11 
 
 		 399 aa  172  7.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  34.56 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  31.95 
 
 		 456 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 424 aa  149  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 587 aa  146  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 407 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 359 aa  140  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 399 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  30.86 
 
 		 385 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  36.65 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 530 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  36.51 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 402 aa  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  35.94 
 
 		 315 aa  130  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  35.6 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.79 
 
 		 331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  31.46 
 
 		 379 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  30.25 
 
 		 371 aa  124  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  28.65 
 
 		 395 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 330 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  32.88 
 
 		 393 aa  123  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  30.03 
 
 		 529 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  30.65 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  35.26 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  33.49 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.8 
 
 		 376 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 420 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 403 aa  121  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 384 aa  120  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 		 451 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  34.74 
 
 		 329 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1081  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.85 
 
 		 468 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>