More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3414 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
278 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  84.53 
 
 
278 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  83.09 
 
 
278 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  81.36 
 
 
282 aa  472  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  82.08 
 
 
282 aa  471  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  76.98 
 
 
278 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  80.43 
 
 
278 aa  463  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  74.82 
 
 
279 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  57.35 
 
 
280 aa  324  1e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  54.84 
 
 
277 aa  318  7e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  56.68 
 
 
280 aa  317  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  54.84 
 
 
304 aa  311  6.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  54.51 
 
 
284 aa  306  3e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  52.35 
 
 
277 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  52.35 
 
 
277 aa  305  6e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  52.35 
 
 
277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  53.17 
 
 
287 aa  302  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  50.9 
 
 
292 aa  296  3e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 
279 aa  291  8e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  52.5 
 
 
279 aa  288  5.0000000000000004e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  54.12 
 
 
278 aa  287  1e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  287  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  51.85 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  51.48 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  49.29 
 
 
283 aa  280  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  46.93 
 
 
278 aa  279  4e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2888  diaminopimelate epimerase  49.28 
 
 
284 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  46.26 
 
 
284 aa  257  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3033  diaminopimelate epimerase  50 
 
 
290 aa  254  7e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  48.39 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  46.88 
 
 
280 aa  252  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  47.16 
 
 
282 aa  249  5e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  46.95 
 
 
278 aa  239  4e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  44.48 
 
 
281 aa  236  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 
274 aa  236  4e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  45.39 
 
 
280 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  44.48 
 
 
281 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  45.23 
 
 
279 aa  233  4.0000000000000004e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  42.51 
 
 
281 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  41.39 
 
 
269 aa  228  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  44.13 
 
 
277 aa  226  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  44.48 
 
 
277 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  42.71 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  43.88 
 
 
407 aa  221  9.999999999999999e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  42.55 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  42.29 
 
 
290 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  41.61 
 
 
288 aa  218  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  41.64 
 
 
276 aa  218  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 
276 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  41.61 
 
 
284 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  41.28 
 
 
308 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 
292 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 
279 aa  215  7e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  41.43 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  43.77 
 
 
276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 
278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  43.9 
 
 
286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0171  Diaminopimelate epimerase  38.91 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  42.51 
 
 
292 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  41.03 
 
 
289 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  41.24 
 
 
299 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  41.38 
 
 
309 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5137  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 
276 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.91439  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  41.44 
 
 
387 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  40.57 
 
 
276 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  42.41 
 
 
315 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  41.44 
 
 
309 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  41.44 
 
 
309 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  40.75 
 
 
292 aa  208  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  40.21 
 
 
274 aa  208  9e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0183  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 
276 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  39.5 
 
 
274 aa  207  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  42.56 
 
 
368 aa  207  2e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  42.35 
 
 
276 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  41.13 
 
 
279 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  41.52 
 
 
287 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0740  diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 
284 aa  206  3e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00112553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  41.99 
 
 
287 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 
276 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 
274 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 
274 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 
274 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 
274 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>