More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_2960 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
248 aa  503  1e-142  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.79617e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52 
 
 
249 aa  234  1e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.4 
 
 
263 aa  207  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.51 
 
 
246 aa  205  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.28 
 
 
246 aa  190  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.45 
 
 
246 aa  189  3e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.70837e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.87 
 
 
260 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.33 
 
 
249 aa  154  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  40.08 
 
 
244 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.49 
 
 
257 aa  149  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  3.18733e-07  hitchhiker  1.51601e-05 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.08 
 
 
249 aa  149  6e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.55 
 
 
245 aa  147  2e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  36.29 
 
 
247 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.9 
 
 
258 aa  140  2e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.63 
 
 
247 aa  132  4e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  38.7 
 
 
246 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  35.16 
 
 
249 aa  128  8e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  33.2 
 
 
248 aa  127  2e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  35.25 
 
 
246 aa  127  2e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.34 
 
 
244 aa  125  8e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  33.2 
 
 
245 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.6 
 
 
251 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.43 
 
 
244 aa  123  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.94 
 
 
244 aa  120  1e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.1 
 
 
242 aa  120  2e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
250 aa  120  2e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
245 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
250 aa  119  4e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  31.84 
 
 
246 aa  119  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  3.69372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  35.04 
 
 
250 aa  117  1e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  34.82 
 
 
251 aa  117  2e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.06 
 
 
244 aa  117  2e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.4 
 
 
251 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
239 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.08 
 
 
244 aa  116  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  32.46 
 
 
245 aa  115  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
249 aa  114  1e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  30.31 
 
 
254 aa  115  1e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.4 
 
 
239 aa  113  2e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
239 aa  114  2e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
239 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.09 
 
 
243 aa  112  4e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.19 
 
 
249 aa  113  4e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
251 aa  112  4e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.37 
 
 
260 aa  112  7e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 
244 aa  112  7e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  7e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  112  8e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.43025e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
247 aa  111  1e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 
239 aa  111  1e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
239 aa  111  1e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  111  1e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  34.91 
 
 
245 aa  110  2e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
249 aa  110  2e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
249 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  4.83246e-05  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  34.58 
 
 
259 aa  109  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.4 
 
 
255 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.4 
 
 
255 aa  109  4e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
241 aa  109  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.93 
 
 
239 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.81 
 
 
242 aa  108  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.08 
 
 
240 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.8 
 
 
255 aa  108  9e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.51 
 
 
251 aa  107  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  30.08 
 
 
249 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  31.65 
 
 
243 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  3.13548e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
255 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.52 
 
 
242 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
255 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  30.86 
 
 
243 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
254 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  30.86 
 
 
243 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
250 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
243 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  1.46734e-05 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
250 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.47 
 
 
243 aa  105  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  33.62 
 
 
244 aa  105  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.28 
 
 
256 aa  105  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.37 
 
 
243 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.74 
 
 
239 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
243 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.59 
 
 
248 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
255 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
255 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
243 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  32.23 
 
 
244 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>