More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_1995 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  79.95 
 
 
439 aa  743    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0219  diaminopimelate decarboxylase  78.59 
 
 
439 aa  730    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279526  hitchhiker  6.0222499999999995e-21 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
439 aa  909    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  39.53 
 
 
471 aa  290  3e-77  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  38.43 
 
 
481 aa  275  9e-73  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 
415 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
412 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
412 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
412 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 
412 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
412 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 
412 aa  193  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 
417 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 
413 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 
410 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  31.35 
 
 
410 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 
420 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  31.87 
 
 
420 aa  176  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 
410 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 
416 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  32.46 
 
 
420 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 
420 aa  170  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 
420 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  33.03 
 
 
420 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  33.03 
 
 
420 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  32.65 
 
 
420 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  33.03 
 
 
420 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 
398 aa  166  8e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  30.09 
 
 
414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 
409 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 
431 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  32.07 
 
 
420 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  32.81 
 
 
420 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 
420 aa  164  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 
420 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 
416 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 
420 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 
420 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 
420 aa  161  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 
420 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.17 
 
 
412 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  29.69 
 
 
407 aa  157  5.0000000000000005e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 
407 aa  155  1e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  29.23 
 
 
420 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  29 
 
 
424 aa  153  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  28.34 
 
 
410 aa  153  8e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 
406 aa  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  30.18 
 
 
453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  30.66 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  27.4 
 
 
406 aa  147  3e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 
434 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  29.93 
 
 
412 aa  140  3e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 
425 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 
385 aa  136  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 
401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  26.68 
 
 
421 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 
432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 
386 aa  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  26.79 
 
 
386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0013  diaminopimelate decarboxylase  29.89 
 
 
443 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 
423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  29.08 
 
 
420 aa  130  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  25.23 
 
 
393 aa  129  8.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  28.7 
 
 
437 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  26.92 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 
414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  28.67 
 
 
431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  28.57 
 
 
859 aa  128  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  27.31 
 
 
417 aa  127  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  29.62 
 
 
421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  27.95 
 
 
421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 
420 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  26.7 
 
 
416 aa  127  5e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  29.77 
 
 
416 aa  126  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  29.21 
 
 
421 aa  126  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0407  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.78 
 
 
857 aa  126  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  31.25 
 
 
414 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  28.94 
 
 
423 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 
421 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 
423 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 
421 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  28.57 
 
 
859 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  27.63 
 
 
419 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  26.01 
 
 
416 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  27.77 
 
 
422 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  29.18 
 
 
421 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.75 
 
 
414 aa  125  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  29.48 
 
 
394 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 
402 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 
402 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01670  diaminopimelate decarboxylase  28.28 
 
 
452 aa  124  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.209967  hitchhiker  0.000000000000581642 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 
443 aa  124  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  30.47 
 
 
414 aa  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>