81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0104 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 372 aa  766    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  36.5 
 
 		 372 aa  203  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  36.53 
 
 		 404 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  33.63 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  32.95 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  33.33 
 
 		 394 aa  170  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  32.25 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  31.33 
 
 		 395 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  30.3 
 
 		 383 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  33.22 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  33.54 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  32.1 
 
 		 360 aa  145  8.000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  32.23 
 
 		 357 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.76 
 
 		 399 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  30.12 
 
 		 354 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  29.91 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  31.74 
 
 		 376 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  29.59 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  30.7 
 
 		 350 aa  134  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  31.93 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 372 aa  132  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  33.95 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  29.9 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  30.43 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.39 
 
 		 367 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  31.67 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 367 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  26.14 
 
 		 401 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.59 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  27.02 
 
 		 352 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  26.67 
 
 		 365 aa  97.4  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  27.59 
 
 		 391 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  27.59 
 
 		 391 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  30.66 
 
 		 362 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  26.22 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  27.08 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  21.49 
 
 		 348 aa  80.5  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  29.29 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  27.27 
 
 		 393 aa  70.9  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  24.14 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  22.73 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  23.91 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  30.12 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  30.12 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  30.12 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.33 
 
 		 370 aa  55.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  33.93 
 
 		 169 aa  52.4  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.28 
 
 		 386 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  25.73 
 
 		 174 aa  48.9  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 184 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 256 aa  47  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  25.48 
 
 		 375 aa  47  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  28.68 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  30.48 
 
 		 182 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  23.73 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 255 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  23.44 
 
 		 382 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  24.56 
 
 		 294 aa  43.9  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 182 aa  44.3  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2296  hypothetical protein  29.31 
 
 		 307 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  26.12 
 
 		 173 aa  43.9  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  26.12 
 
 		 173 aa  43.9  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 252 aa  43.5  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 432 aa  43.1  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4066  hypothetical protein  27.84 
 
 		 336 aa  43.5  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.621237 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.39 
 
 		 475 aa  43.1  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 151 aa  43.1  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 272 aa  43.1  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 446 aa  43.1  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.01  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  34.21 
 
 		 181 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>