More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0002 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
373 aa  762  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  67.83 
 
 
372 aa  511  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.9 
 
 
373 aa  491  1e-138  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.47 
 
 
372 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.47 
 
 
372 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  61.13 
 
 
372 aa  487  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  62.73 
 
 
372 aa  484  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.96 
 
 
372 aa  439  1e-122  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.73 
 
 
376 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.58 
 
 
375 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.58 
 
 
375 aa  299  5e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
375 aa  298  8e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.05 
 
 
376 aa  285  1e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.29 
 
 
365 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
372 aa  254  2e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  37.07 
 
 
370 aa  253  4e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  252  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.6 
 
 
366 aa  252  8e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  36.6 
 
 
366 aa  252  8e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  36.6 
 
 
366 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.07 
 
 
366 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  34.58 
 
 
366 aa  247  2e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  37.87 
 
 
366 aa  246  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  37.87 
 
 
366 aa  246  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.87 
 
 
366 aa  246  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.9 
 
 
366 aa  245  7e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  35.81 
 
 
373 aa  244  1e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 
373 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.33 
 
 
367 aa  243  5e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  37.6 
 
 
366 aa  242  6e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
372 aa  242  8e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  36.34 
 
 
372 aa  242  8e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  35.28 
 
 
366 aa  242  9e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  35.83 
 
 
366 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.9 
 
 
366 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
373 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  35.83 
 
 
366 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  35.83 
 
 
366 aa  240  3e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  35.83 
 
 
366 aa  240  3e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.92 
 
 
373 aa  240  3e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  35.71 
 
 
373 aa  240  3e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  35.83 
 
 
366 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.71 
 
 
373 aa  239  5e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  34.31 
 
 
372 aa  239  6e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.97 
 
 
366 aa  239  7e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  36.8 
 
 
366 aa  238  8e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  35.73 
 
 
366 aa  238  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  35.01 
 
 
366 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  34.4 
 
 
371 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  238  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.17 
 
 
366 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.41 
 
 
366 aa  236  6e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  236  7e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 
372 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 
366 aa  234  2e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
366 aa  234  2e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 
371 aa  233  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  34.84 
 
 
366 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 
367 aa  233  4e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.2 
 
 
366 aa  233  4e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  34.39 
 
 
373 aa  232  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 
372 aa  232  7e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  34.67 
 
 
372 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  34.4 
 
 
372 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 
367 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 
372 aa  231  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
366 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  35.45 
 
 
372 aa  229  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 
372 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.37 
 
 
365 aa  229  5e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.62 
 
 
367 aa  229  8e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  34.57 
 
 
366 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 
367 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.81 
 
 
367 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  35.81 
 
 
367 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  30.65 
 
 
369 aa  227  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 
367 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.81 
 
 
367 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  33.24 
 
 
372 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  35.42 
 
 
375 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 
374 aa  226  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 
367 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.56 
 
 
367 aa  225  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 
372 aa  225  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  34.31 
 
 
397 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>