167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0044 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_t37  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  143  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628629  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000374465  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0044  tRNA-Glu  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000772538  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0040  tRNA-Glu  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0111833  normal  0.897569 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0012  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0022  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000692994  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0004  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0010  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0030  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000392756  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0011  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.406571 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0008  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.862218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0064  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0073  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122023  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0097  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000640462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0099  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000545128  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0084  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  86.79 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0031  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0288989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0082  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0019  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5646  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000268036  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5649  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000534541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5673  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000836354  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5706  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0193504  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5736  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0534212  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124303  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0680587  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-5  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00381544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-6  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0124821  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000632296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-5  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0012905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-6  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000917456  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066357  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000147192  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240396  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211389  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-5  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.350653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-6  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245916  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00323407  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0014  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000839955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0116  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00563639  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0151  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0027  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0072  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000146154  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0190  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0293  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000258541  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0602  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0871  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 153 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000806064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5013  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0232809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5653  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000310827  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5629  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000097671  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5652  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000748883  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5665  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000888654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>