299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0020 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  3.24571e-07  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  98.61 
 
 
77 bp  135  2e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.55557e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  90.28 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.37653e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  89.19 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  90.77 
 
 
73 bp  73.8  5e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.02683e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.33743e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  90.77 
 
 
73 bp  73.8  5e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.16248e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  89.06 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.44766e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  2.7529e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  6.56086e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  6.3734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.1602e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.15013e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  9.23685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  91.84 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  91.84 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.00498e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.12011e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0019  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0224429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.92353e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.0616e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  91.07 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  91.07 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0137  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00346099  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0104  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  5.27432e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0024  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0045  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.24786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0047  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.349818  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0039  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  2.55751e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0133  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  9.90226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0100  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184606  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  7.84073e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.938e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000407513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5813  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000449706  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000847547  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.23447e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0218  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.64905e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4571  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  6.05128e-11  normal  0.110688 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5044  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.77575e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0277  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0785  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  5.00778e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  6.92763e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 
80 bp  61.9  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  5.23953e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353058  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  2.01078e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 
80 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.2583e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  7.2092e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4997  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5732  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.00542e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 
80 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  1.43078e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0101  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0299  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  7.67893e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0860  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  4.6411e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5028  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.52339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt25  tRNA-Arg  90.2 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.552192 
 
 
-
 
NC_002950  PGt26  tRNA-Arg  90.2 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.546843 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.19464e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5664  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.9458e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5694  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  6.35784e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5639  tRNA-Arg  86.57 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0037  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.80168e-12  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>