More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2869 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
409 aa  849    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  51.06 
 
 
395 aa  395  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  51.15 
 
 
402 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  47.45 
 
 
393 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  45.16 
 
 
399 aa  319  5e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  42.39 
 
 
399 aa  295  1e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  43.68 
 
 
419 aa  289  5.0000000000000004e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  39.11 
 
 
437 aa  271  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  32.63 
 
 
313 aa  172  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.55 
 
 
313 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  31.62 
 
 
370 aa  143  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  30.75 
 
 
334 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 
318 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  28.39 
 
 
359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  29.82 
 
 
337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  29.74 
 
 
310 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 
632 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.81 
 
 
405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  28.16 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.72 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  27.75 
 
 
388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  31.06 
 
 
361 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  29.77 
 
 
323 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 
468 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  28.12 
 
 
423 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  30.4 
 
 
412 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  29.72 
 
 
465 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  30 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  25.75 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  26.48 
 
 
423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  28.78 
 
 
362 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
368 aa  120  3e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  29.35 
 
 
356 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  28.13 
 
 
662 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  28.26 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  27.93 
 
 
335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
418 aa  116  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  28.71 
 
 
438 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  25.9 
 
 
331 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.64 
 
 
345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.47 
 
 
431 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  27.12 
 
 
364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 
335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  25.7 
 
 
727 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  28.38 
 
 
379 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  34.78 
 
 
406 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.53 
 
 
362 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  24.69 
 
 
421 aa  107  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  26.83 
 
 
443 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.21 
 
 
431 aa  106  9e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  27.49 
 
 
313 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  25.7 
 
 
454 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.48 
 
 
361 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
373 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  28.44 
 
 
446 aa  102  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  27.96 
 
 
390 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  28.19 
 
 
385 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  29.73 
 
 
488 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  33.66 
 
 
328 aa  101  2e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  26.23 
 
 
324 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  32.34 
 
 
434 aa  100  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  28.09 
 
 
349 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  27.18 
 
 
406 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  30.35 
 
 
418 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  30.35 
 
 
418 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.86 
 
 
328 aa  99.4  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  34.27 
 
 
437 aa  98.6  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  24.94 
 
 
686 aa  99  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  26.7 
 
 
671 aa  98.2  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  26.77 
 
 
355 aa  97.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2061  DNA-cytosine methyltransferase  28.5 
 
 
511 aa  97.1  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.94 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  29.76 
 
 
317 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
338 aa  95.9  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  26.11 
 
 
689 aa  95.9  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1322  DNA-cytosine methyltransferase  28.68 
 
 
429 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000848316  hitchhiker  0.000198005 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.17 
 
 
698 aa  95.5  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  29.53 
 
 
450 aa  94.7  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  25.45 
 
 
329 aa  94.7  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  25.59 
 
 
327 aa  94.7  3e-18  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.37 
 
 
451 aa  94.4  4e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  26.28 
 
 
371 aa  93.6  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  26.67 
 
 
362 aa  93.2  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  27.18 
 
 
398 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  32.11 
 
 
319 aa  93.2  7e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
456 aa  93.2  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
456 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  23.94 
 
 
329 aa  92.4  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  25.72 
 
 
313 aa  92  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  30.46 
 
 
360 aa  92  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  31.36 
 
 
462 aa  92  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
460 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
460 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  23.08 
 
 
415 aa  91.3  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.25 
 
 
415 aa  90.9  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.43 
 
 
395 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  30.22 
 
 
508 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  28.43 
 
 
312 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  26.23 
 
 
428 aa  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  29.8 
 
 
340 aa  89.4  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>