182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2848 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 729 aa  1508    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  44.54 
 
 		 716 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  44.28 
 
 		 772 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  44.01 
 
 		 769 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  44.57 
 
 		 766 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  42.08 
 
 		 793 aa  563  1.0000000000000001e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  43.25 
 
 		 744 aa  559  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  43.61 
 
 		 750 aa  558  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  39.71 
 
 		 758 aa  544  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  43.02 
 
 		 773 aa  540  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  42.92 
 
 		 767 aa  536  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  41.79 
 
 		 766 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  41.71 
 
 		 721 aa  525  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  41.55 
 
 		 741 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  40.34 
 
 		 780 aa  502  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  38.64 
 
 		 775 aa  464  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  38.08 
 
 		 713 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  38.09 
 
 		 713 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  38.02 
 
 		 713 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  34.74 
 
 		 717 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  37.07 
 
 		 708 aa  434  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  37.91 
 
 		 713 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 713 aa  434  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  37.91 
 
 		 708 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 		 713 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 714 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 		 713 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  35.22 
 
 		 701 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 718 aa  179  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 749 aa  158  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 685 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 705 aa  132  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 705 aa  123  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 681 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 698 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  25 
 
 		 724 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  24.82 
 
 		 687 aa  112  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 697 aa  107  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 696 aa  107  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  24.64 
 
 		 688 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  24.52 
 
 		 698 aa  102  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  24.44 
 
 		 725 aa  99.4  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 672 aa  97.8  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  24.86 
 
 		 687 aa  94.7  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  23.89 
 
 		 710 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  24.32 
 
 		 710 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  24.32 
 
 		 710 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  24.32 
 
 		 710 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  24.57 
 
 		 709 aa  92  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  24.39 
 
 		 688 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  24.25 
 
 		 688 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  24.26 
 
 		 688 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  21.92 
 
 		 699 aa  86.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  22.76 
 
 		 676 aa  86.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  24.1 
 
 		 695 aa  86.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 702 aa  84.3  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  22.61 
 
 		 676 aa  83.6  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  22.59 
 
 		 723 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  21.94 
 
 		 661 aa  81.6  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  30.73 
 
 		 710 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  28.5 
 
 		 713 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 673 aa  75.9  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  30 
 
 		 691 aa  75.5  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  22.47 
 
 		 687 aa  75.1  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  23.33 
 
 		 686 aa  75.1  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  26.57 
 
 		 719 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  21.02 
 
 		 667 aa  72  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 745 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 745 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 745 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 749 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  29.52 
 
 		 753 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  22.1 
 
 		 760 aa  70.5  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 749 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  29.13 
 
 		 745 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 699 aa  68.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  23.37 
 
 		 669 aa  67  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 668 aa  66.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 768 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 735 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 702 aa  65.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  20.49 
 
 		 668 aa  65.9  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  29.12 
 
 		 667 aa  64.3  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  27.03 
 
 		 684 aa  64.3  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 613 aa  62.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2296  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.78 
 
 		 734 aa  62.4  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.234344 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  21.54 
 
 		 613 aa  61.6  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  23.76 
 
 		 758 aa  60.8  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  27.36 
 
 		 726 aa  59.7  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  27.88 
 
 		 661 aa  58.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  23.62 
 
 		 758 aa  57.8  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  23.42 
 
 		 758 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1571  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 804 aa  56.6  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.579738  normal  0.0739696 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 694 aa  56.6  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  25.82 
 
 		 668 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  21.75 
 
 		 649 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.74 
 
 		 628 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  21.62 
 
 		 656 aa  55.1  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  26.98 
 
 		 668 aa  54.7  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  27.23 
 
 		 628 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>