More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2694 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 268 aa  551  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  66.79 
 
 		 266 aa  372  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  66.54 
 
 		 272 aa  364  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  62.74 
 
 		 270 aa  357  9.999999999999999e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  63.08 
 
 		 268 aa  345  4e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  62.36 
 
 		 264 aa  329  3e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  61.24 
 
 		 256 aa  313  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  42.44 
 
 		 259 aa  198  9e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  40.64 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  40.52 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  41.64 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  41.3 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  41.04 
 
 		 261 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  42.07 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  39.78 
 
 		 277 aa  185  5e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 264 aa  175  9e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  41.91 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  40.82 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  39.78 
 
 		 279 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  38.01 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  35.09 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  35.47 
 
 		 274 aa  155  7e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  35.04 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  38.27 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  35.14 
 
 		 282 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  34.4 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.22 
 
 		 334 aa  145  9e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  30.74 
 
 		 276 aa  141  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 281 aa  141  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  36.73 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  32.86 
 
 		 277 aa  139  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 281 aa  138  7.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2989  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000823328  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  33.92 
 
 		 279 aa  138  1e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  31.45 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  34.05 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  32.86 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  30.77 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  31.21 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  31.21 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  29.86 
 
 		 281 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0431  diaminopimelate epimerase  35.94 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 287 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  30.27 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 315 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  29.86 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0407  diaminopimelate epimerase  34.52 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  32.96 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  33.79 
 
 		 323 aa  133  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  31.91 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  31.8 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  32.74 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  32.53 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  31.63 
 
 		 295 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  36.03 
 
 		 268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  32.61 
 
 		 278 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  31.54 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  31.54 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  31.54 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  31.54 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  32.75 
 
 		 278 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 278 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  30.42 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  31.01 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  32.52 
 
 		 368 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  34.71 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  31.36 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  32.38 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  30.74 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 277 aa  129  3e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  32.03 
 
 		 275 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  32.03 
 
 		 275 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  32.38 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  32.76 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  32.34 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  32.86 
 
 		 290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  31.65 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  31.71 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  32.18 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  34.51 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  31.91 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 280 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  34.25 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>