149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2629 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 359 aa  743    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  47.91 
 
 		 367 aa  325  7e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  47.63 
 
 		 367 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  48.02 
 
 		 367 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  46.67 
 
 		 355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  39.3 
 
 		 342 aa  233  5e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  39.17 
 
 		 347 aa  229  8e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  38.84 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  35.53 
 
 		 352 aa  193  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  33.52 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  36.63 
 
 		 393 aa  143  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  29.15 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  30.34 
 
 		 372 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  26.51 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  27.16 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  28.05 
 
 		 376 aa  105  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 346 aa  102  9e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  27.3 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  27.02 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  26.91 
 
 		 404 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  28.71 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  29.16 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  28.03 
 
 		 370 aa  99.8  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  24.93 
 
 		 365 aa  98.6  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  27.9 
 
 		 347 aa  97.1  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  26.69 
 
 		 400 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  27.46 
 
 		 355 aa  96.3  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  23.88 
 
 		 363 aa  95.9  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  25.58 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  27.35 
 
 		 372 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  29.65 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  29.69 
 
 		 394 aa  89.7  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  26.7 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  25.31 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  25.97 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  24.92 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  22.8 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  28.7 
 
 		 351 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  25.71 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  22.19 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  24.62 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  24.62 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  23.98 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  23.77 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.23 
 
 		 370 aa  62  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25.34 
 
 		 399 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0537  hypothetical protein  23.83 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  23.37 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  22.9 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  27.8 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  25.2 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  25.2 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  25.2 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  22.7 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  30.92 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.67 
 
 		 383 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  22.99 
 
 		 378 aa  53.9  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  25.49 
 
 		 393 aa  53.1  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  21.19 
 
 		 392 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  25.65 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  26.15 
 
 		 390 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  27.01 
 
 		 257 aa  51.2  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  23.55 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 141 aa  50.1  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 256 aa  49.7  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  36.07 
 
 		 144 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  26.16 
 
 		 385 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  44.64 
 
 		 141 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 95 aa  49.3  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 396 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 69 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 152 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 137 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  42.37 
 
 		 251 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 134 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 134 aa  47  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  47  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 169 aa  46.6  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  43.86 
 
 		 137 aa  46.6  0.0006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  21.56 
 
 		 415 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  40 
 
 		 209 aa  46.6  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 149 aa  46.6  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 144 aa  46.6  0.0007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 188 aa  46.2  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  35.64 
 
 		 114 aa  46.2  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  27.02 
 
 		 382 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 182 aa  46.2  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  21.62 
 
 		 381 aa  46.2  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 104 aa  46.2  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  24.51 
 
 		 377 aa  45.8  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 107 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 113 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 227 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>