237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2307 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2307  porphyrin biosynthesis protein, putative  100 
 
 
149 aa  304  3e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.187642  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0141  porphyrin biosynthesis protein, putative  73.47 
 
 
150 aa  229  9e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0708  siroheme synthase  75.86 
 
 
153 aa  227  5e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1844  siroheme synthase  69.86 
 
 
149 aa  224  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.204715  normal  0.1254 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0042  porphyrin biosynthesis protein, putative  69.39 
 
 
149 aa  224  4e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1943  siroheme synthase-like  65.75 
 
 
153 aa  201  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0049  porphyrin biosynthesis protein, putative  48.61 
 
 
155 aa  166  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.843521 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0321  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  37.84 
 
 
626 aa  99.4  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00115564  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1261  siroheme synthase  31.54 
 
 
209 aa  92  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0710  siroheme synthase  39.16 
 
 
148 aa  91.7  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1249  siroheme synthase  35.21 
 
 
213 aa  91.3  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1251  precorrin-2 dehydrogenase  36.92 
 
 
214 aa  90.9  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.264543 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1283  siroheme synthase  38.89 
 
 
280 aa  89.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  33.11 
 
 
554 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3379  siroheme synthase  33.1 
 
 
197 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000292655  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  37.01 
 
 
493 aa  88.6  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02359  hypothetical protein  34.46 
 
 
306 aa  87.8  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003419  siroheme synthase/precorrin-2 oxidase/sirohydrochlorin ferrochelatase  34.46 
 
 
306 aa  87.8  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827256  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0405  siroheme synthase  33.56 
 
 
224 aa  87  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00161187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3282  siroheme synthase  31.08 
 
 
224 aa  87  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3356  siroheme synthase  34.59 
 
 
212 aa  86.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0422337  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.76 
 
 
528 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5870  siroheme synthase  36.51 
 
 
218 aa  85.5  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115348  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0464  siroheme synthase  38.28 
 
 
195 aa  85.1  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142976  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2526  precorrin-2 oxidase / ferrochelatase  38.52 
 
 
142 aa  85.5  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.569901  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1349  siroheme synthase  29.58 
 
 
213 aa  84.3  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0049  siroheme synthase  38.28 
 
 
193 aa  84  7e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000760194  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0976  siroheme synthase component enzyme  31.76 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.417242  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0478  siroheme synthase  33.12 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.598281  normal  0.875071 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  30.2 
 
 
489 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2058  virulence protein VirC  37.21 
 
 
313 aa  81.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0683  precorrin-2 dehydrogenase / sirohydrochlorin ferrochelatase  28.67 
 
 
225 aa  80.5  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000339701  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.33 
 
 
464 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  36.43 
 
 
464 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1150  precorrin-2 dehydrogenase  35.25 
 
 
205 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.225032  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2374  precorrin-2 dehydrogenase  31.33 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.632481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  35.43 
 
 
462 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3066  siroheme synthase  25.35 
 
 
221 aa  78.2  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1483  precorrin-2 dehydrogenase  31.97 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.060186  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3861  precorrin-2 dehydrogenase  31.97 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.458104  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2635  precorrin-2 dehydrogenase  32.43 
 
 
197 aa  77.4  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.917436  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  27.52 
 
 
468 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.34 
 
 
480 aa  77.4  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0345  siroheme synthase  31.08 
 
 
182 aa  77  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00442257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  35.66 
 
 
464 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01486  siroheme synthase  31.3 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3311  hypothetical protein  28.68 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.17565  normal  0.718248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0400  siroheme synthase  35.43 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1588  siroheme synthase  30.22 
 
 
257 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.38 
 
 
487 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1123  siroheme synthase  35.4 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.967334 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12390  siroheme synthase, N-terminal domain protein  31.75 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.03 
 
 
480 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0854  siroheme synthase  30.15 
 
 
221 aa  75.9  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.819849  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1785  siroheme synthase  29.46 
 
 
151 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000034128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2332  siroheme synthase  29.25 
 
 
303 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.477134  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  32.56 
 
 
465 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  34.11 
 
 
464 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2289  precorrin-2 dehydrogenase  30.99 
 
 
157 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  32.56 
 
 
465 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0405  siroheme synthase  34.25 
 
 
224 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  31.03 
 
 
462 aa  74.3  0.0000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2755  siroheme synthase  33.33 
 
 
314 aa  73.9  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.600217  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.94 
 
 
462 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1476  siroheme synthase  30.41 
 
 
303 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.154904  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1977  siroheme synthase CysG  27.69 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.769253  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2148  precorrin-2 dehydrogenase  31.69 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2300  siroheme synthase  33.79 
 
 
145 aa  72.4  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000117051  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3617  precorrin-2 dehydrogenase  30.71 
 
 
212 aa  72.8  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0370108 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3090  siroheme synthase  31.08 
 
 
498 aa  72.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000482671  normal  0.0254521 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.1 
 
 
502 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1986  precorrin-2 dehydrogenase  33.6 
 
 
156 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.347019  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1945  precorrin-2 dehydrogenase  30.28 
 
 
157 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.996395  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0204  precorrin-2 dehydrogenase  33.6 
 
 
149 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2072  siroheme synthase  26.56 
 
 
235 aa  71.2  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.628826  hitchhiker  0.0000044464 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3166  precorrin-2 dehydrogenase  33.6 
 
 
157 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3656  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.91 
 
 
470 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  28.28 
 
 
472 aa  70.9  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.28 
 
 
472 aa  70.9  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  28.28 
 
 
472 aa  70.9  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0580  siroheme synthase  31.01 
 
 
226 aa  70.5  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1276  precorrin-6x reductase  33.08 
 
 
407 aa  70.5  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00118855  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  28.86 
 
 
458 aa  70.5  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2695  siroheme synthase  27.7 
 
 
303 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6615  siroheme synthase  29.8 
 
 
193 aa  69.3  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.027684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0537  siroheme synthase, N-terminal component  32.7 
 
 
321 aa  68.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1993  precorrin-2 dehydrogenase  30.28 
 
 
157 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2886  precorrin-2 oxidase / ferrochelatase  28.97 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.360303  hitchhiker  0.00000078916 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2142  precorrin-2 dehydrogenase  30.28 
 
 
157 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.26346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  31.33 
 
 
470 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1980  precorrin-2 dehydrogenase  26.06 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00160437  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  29.25 
 
 
459 aa  68.2  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  31.33 
 
 
473 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  31.33 
 
 
473 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1407  siroheme synthase  27.7 
 
 
307 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117036  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  30.56 
 
 
480 aa  67.8  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.97 
 
 
472 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.69 
 
 
479 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10020  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  24.67 
 
 
422 aa  67.4  0.00000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0127568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1388  siroheme synthase  28.46 
 
 
303 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134588  hitchhiker  0.0000000453788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>