More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2292 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
292 aa  608  1e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  69.23 
 
 
291 aa  425  1e-118  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.9 
 
 
286 aa  396  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.03 
 
 
297 aa  372  1e-102  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.86 
 
 
296 aa  367  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.99 
 
 
290 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.09 
 
 
288 aa  349  3e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.18 
 
 
287 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.67 
 
 
285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.78 
 
 
284 aa  279  3e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.77 
 
 
288 aa  271  9e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.48 
 
 
298 aa  269  4e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
280 aa  266  2.9999999999999995e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.74 
 
 
286 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.23 
 
 
293 aa  246  3e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.71 
 
 
294 aa  245  6e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.17 
 
 
294 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
296 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.74 
 
 
280 aa  235  6e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.17 
 
 
296 aa  235  8e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.14 
 
 
296 aa  232  5e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.34 
 
 
288 aa  231  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
287 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
303 aa  229  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
294 aa  228  9e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
294 aa  228  9e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
288 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
277 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
281 aa  226  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
284 aa  223  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
284 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.66 
 
 
286 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
284 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
280 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
283 aa  219  6e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.42 
 
 
290 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
284 aa  217  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.46 
 
 
298 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
297 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
302 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
294 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
289 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
289 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
291 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.26 
 
 
312 aa  215  7e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
295 aa  215  7e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
291 aa  215  7e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
291 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
285 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.18 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  40.35 
 
 
293 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
301 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
301 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.16 
 
 
283 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.33 
 
 
306 aa  209  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.73 
 
 
281 aa  209  4e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
291 aa  209  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.33 
 
 
297 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42 
 
 
300 aa  208  8e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
310 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
299 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
299 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
285 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
294 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
291 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.03 
 
 
276 aa  206  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
292 aa  205  6e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
281 aa  205  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.13 
 
 
296 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
281 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.61 
 
 
291 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  38.89 
 
 
290 aa  204  2e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
294 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.16 
 
 
283 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
305 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
292 aa  202  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
298 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
314 aa  201  9e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.25 
 
 
246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
299 aa  199  3e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.89 
 
 
297 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.38 
 
 
287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
301 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  37.5 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>