97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2038 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0997  hypothetical protein  48.89 
 
 		 706 aa  695    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  100 
 
 		 1241 aa  2550    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0991  hypothetical protein  54.87 
 
 		 300 aa  293  2e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0994  hypothetical protein  55.6 
 
 		 309 aa  285  4.0000000000000003e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  27.68 
 
 		 1125 aa  284  6.000000000000001e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  25.23 
 
 		 1430 aa  281  4e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2107  hypothetical protein  25.95 
 
 		 1270 aa  279  3e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2288  type II restriction enzyme  23.63 
 
 		 1160 aa  249  3e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  25.83 
 
 		 1144 aa  247  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1140 aa  233  2e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  26.47 
 
 		 1359 aa  232  3e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  24.64 
 
 		 1180 aa  230  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1324 aa  229  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  24.86 
 
 		 1425 aa  228  7e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  28.16 
 
 		 1182 aa  225  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0295  type II restriction enzyme  25.23 
 
 		 1167 aa  224  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  23.89 
 
 		 1219 aa  223  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  24.72 
 
 		 1131 aa  218  8e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3731  hypothetical protein  25.52 
 
 		 1174 aa  217  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  28.8 
 
 		 1162 aa  215  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1677  hypothetical protein  24.63 
 
 		 1171 aa  213  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114545 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  26.58 
 
 		 1205 aa  211  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  25.83 
 
 		 1183 aa  209  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  28.4 
 
 		 1218 aa  207  8e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1235  hypothetical protein  23.8 
 
 		 1484 aa  192  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.616183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0601  hypothetical protein  24.06 
 
 		 1497 aa  182  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.548482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1124  hypothetical protein  24.59 
 
 		 1326 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  25.23 
 
 		 612 aa  155  5.9999999999999996e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  22.22 
 
 		 1141 aa  125  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0583  hypothetical protein  24.8 
 
 		 882 aa  106  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  20.4 
 
 		 1162 aa  105  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3191  hypothetical protein  32.39 
 
 		 288 aa  103  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1709  hypothetical protein  21.71 
 
 		 1154 aa  95.1  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.18586  normal  0.0585819 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2241  hypothetical protein  21.07 
 
 		 731 aa  91.7  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0974985 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3233  hypothetical protein  19.88 
 
 		 1129 aa  85.1  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0491  hypothetical protein  23.67 
 
 		 1178 aa  83.2  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1132  hypothetical protein  20.82 
 
 		 1174 aa  82.8  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00035988 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1081  hypothetical protein  20.57 
 
 		 1107 aa  80.1  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.202194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1819  hypothetical protein  19.64 
 
 		 1154 aa  79.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0470618 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  21.99 
 
 		 1426 aa  78.2  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_002950  PG0862  type IIS restriction endonuclease, putative  21.7 
 
 		 1132 aa  75.1  0.000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00475816 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  22.54 
 
 		 1058 aa  73.9  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  22.97 
 
 		 1120 aa  73.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1104 aa  71.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2210  type II restriction enzyme, methylase subunit  20.25 
 
 		 836 aa  65.5  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000292861  normal  0.0590871 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  21.05 
 
 		 1177 aa  65.5  0.000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  21.5 
 
 		 1209 aa  64.3  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  20.11 
 
 		 1257 aa  63.5  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  21.07 
 
 		 1154 aa  62.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  25 
 
 		 995 aa  60.8  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  27.22 
 
 		 974 aa  58.9  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  25.23 
 
 		 950 aa  58.2  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2547  type IIS restriction endonuclease, putative  20.13 
 
 		 1076 aa  58.2  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00176401  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1062  hypothetical protein  21.19 
 
 		 1231 aa  55.5  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000818904  hitchhiker  0.00000512763 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  26.99 
 
 		 1339 aa  55.1  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1948  DNA modification methylase  20.63 
 
 		 1089 aa  54.7  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.89671  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  20.15 
 
 		 1244 aa  54.7  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  28.89 
 
 		 1432 aa  53.1  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  41.33 
 
 		 416 aa  53.5  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04295  Type II restriction enzyme, methylase subunit  26.34 
 
 		 1020 aa  53.5  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  26.14 
 
 		 1319 aa  52.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  25.71 
 
 		 1440 aa  51.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  32.35 
 
 		 1173 aa  51.6  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  22.44 
 
 		 1194 aa  50.4  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1897  hypothetical protein  27.52 
 
 		 410 aa  50.8  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000502601  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  26.34 
 
 		 1159 aa  50.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0410  hypothetical protein  22.82 
 
 		 1147 aa  49.7  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.301766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  20.57 
 
 		 1036 aa  50.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  21.22 
 
 		 1612 aa  49.7  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2914  N-6 DNA methylase  24.04 
 
 		 494 aa  49.7  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.170964  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  41.03 
 
 		 1239 aa  49.3  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1338 aa  49.3  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2385  hypothetical protein  24.72 
 
 		 518 aa  48.9  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1603  Eco57I restriction endonuclease  19.97 
 
 		 1170 aa  48.9  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.741912  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3315  type II restriction enzyme, methylase subunit  34.15 
 
 		 929 aa  48.9  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2544  hypothetical protein  27.54 
 
 		 1346 aa  48.5  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0868504  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  34.12 
 
 		 1343 aa  48.5  0.0007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0182  hypothetical protein  23 
 
 		 1039 aa  48.1  0.0009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  35.06 
 
 		 792 aa  47.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1457  type IIS restriction/modification enzyme  26.95 
 
 		 1256 aa  47.8  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35210  hypothetical protein  25.49 
 
 		 1546 aa  47  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  23.6 
 
 		 795 aa  47  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  32.97 
 
 		 1170 aa  47  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2592  hypothetical protein  23.62 
 
 		 494 aa  47.4  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0043  type II restriction-modification enzyme  23.18 
 
 		 1252 aa  47.4  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  25.2 
 
 		 423 aa  47.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1478  hypothetical protein  22.53 
 
 		 838 aa  47.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.157286  normal  0.918489 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  35.37 
 
 		 1188 aa  47.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  20.9 
 
 		 1041 aa  47.4  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0176  type II restriction enzyme methylase subunits- like protein  28.09 
 
 		 919 aa  46.6  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  29.25 
 
 		 1151 aa  47  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1315  hypothetical protein  32.93 
 
 		 1751 aa  45.8  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1465  hypothetical protein  31.25 
 
 		 914 aa  45.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152551  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1272  hypothetical protein  20.78 
 
 		 1353 aa  45.1  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3043  hypothetical protein  32.5 
 
 		 871 aa  45.1  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.743399  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3668  hypothetical protein  23.46 
 
 		 1088 aa  44.7  0.01  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  25.37 
 
 		 1195 aa  45.1  0.01  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>