239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2019 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2019  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 525 aa  1068    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0788272  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  23.88 
 
 		 590 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  23.51 
 
 		 716 aa  147  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 		 705 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  24.5 
 
 		 715 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  24.46 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  23.56 
 
 		 565 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 643 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  23.55 
 
 		 732 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  24 
 
 		 737 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  26.52 
 
 		 632 aa  118  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  21.13 
 
 		 531 aa  117  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 636 aa  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 		 646 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 658 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  23.71 
 
 		 707 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  23.71 
 
 		 635 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  26.33 
 
 		 658 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 642 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 634 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  25.79 
 
 		 644 aa  113  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 647 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 		 738 aa  104  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  24.38 
 
 		 726 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  22.03 
 
 		 732 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  20.86 
 
 		 500 aa  88.6  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  22.75 
 
 		 488 aa  87.4  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  23.5 
 
 		 630 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  21.32 
 
 		 541 aa  82.4  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.38 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  19.94 
 
 		 507 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  23.16 
 
 		 494 aa  80.5  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  23.16 
 
 		 494 aa  80.5  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  22.99 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 		 424 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.53 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 		 450 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  21.6 
 
 		 564 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  22.12 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.23 
 
 		 554 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.41 
 
 		 470 aa  77.4  0.0000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 494 aa  77  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  22.77 
 
 		 518 aa  77  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  23.18 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  22.01 
 
 		 552 aa  75.9  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  22.12 
 
 		 564 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 488 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  22.08 
 
 		 554 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.03 
 
 		 473 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  22.15 
 
 		 563 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  21.75 
 
 		 489 aa  72  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 		 473 aa  72.4  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 502 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  20.04 
 
 		 503 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 468 aa  71.6  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  19.02 
 
 		 502 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  19.93 
 
 		 488 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  23.13 
 
 		 598 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.58 
 
 		 647 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  19.6 
 
 		 487 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.48 
 
 		 520 aa  69.3  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  22.63 
 
 		 495 aa  68.9  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  20.69 
 
 		 647 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  20.69 
 
 		 647 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  22.63 
 
 		 501 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  22.73 
 
 		 484 aa  67.8  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.69 
 
 		 647 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.69 
 
 		 647 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.69 
 
 		 651 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  22.55 
 
 		 501 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.69 
 
 		 651 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 524 aa  67.4  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.34 
 
 		 651 aa  67  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  23.01 
 
 		 723 aa  67  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  20.13 
 
 		 634 aa  67  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  22.7 
 
 		 437 aa  67  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  20.75 
 
 		 451 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  20.45 
 
 		 540 aa  66.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  21.76 
 
 		 521 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  20.85 
 
 		 472 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  20.83 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  23.68 
 
 		 1288 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  20.8 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  20.84 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  21.87 
 
 		 533 aa  65.5  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  21.05 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 501 aa  63.9  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  21.22 
 
 		 475 aa  63.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  21.61 
 
 		 474 aa  63.9  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  21.76 
 
 		 681 aa  63.5  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  22.25 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  19.39 
 
 		 864 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  19.31 
 
 		 486 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  20.06 
 
 		 620 aa  63.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  21.6 
 
 		 475 aa  62.4  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  21.02 
 
 		 462 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  19.9 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  22.71 
 
 		 476 aa  62  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>