More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2015 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  100 
 
 		 287 aa  559  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0698  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 280 aa  192  7e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00451191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.43 
 
 		 339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  36 
 
 		 357 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  31.67 
 
 		 350 aa  153  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  31.32 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 443 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7950  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172142  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 350 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 407 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.7 
 
 		 325 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 389 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 415 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  36.76 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.5 
 
 		 452 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 407 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 433 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  30.47 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.92 
 
 		 423 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  32.47 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 350 aa  142  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 407 aa  142  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 463 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 357 aa  141  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 424 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 435 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 433 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  30.11 
 
 		 950 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 389 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 389 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.88 
 
 		 418 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.31 
 
 		 326 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.26 
 
 		 428 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.26 
 
 		 428 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 562 aa  138  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 393 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  31.39 
 
 		 614 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.71 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 437 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 423 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 330 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  32.54 
 
 		 437 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 427 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 433 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 427 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 389 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 433 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 375 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 375 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 428 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.64 
 
 		 425 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 399 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 		 389 aa  135  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0216  ABC transporter related  30.14 
 
 		 565 aa  135  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167929  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 353 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.57 
 
 		 412 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.06 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 389 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1427  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.732914  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  33.2 
 
 		 646 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 421 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.88 
 
 		 424 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  28.34 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>