More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1911 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  67.54 
 
 		 795 aa  1068    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  100 
 
 		 770 aa  1572    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  77.97 
 
 		 791 aa  1267    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  77.95 
 
 		 762 aa  1259    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  77.94 
 
 		 794 aa  1267    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  80.29 
 
 		 791 aa  1288    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  69.9 
 
 		 795 aa  1107    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  41.41 
 
 		 709 aa  520  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  38.96 
 
 		 750 aa  498  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  38.74 
 
 		 795 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  40.75 
 
 		 825 aa  484  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  40.51 
 
 		 751 aa  481  1e-134  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  37.28 
 
 		 758 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.62 
 
 		 762 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  37.89 
 
 		 735 aa  466  9.999999999999999e-131  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.03 
 
 		 788 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  39.73 
 
 		 742 aa  457  1e-127  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  37.67 
 
 		 808 aa  449  1e-125  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  37.67 
 
 		 804 aa  451  1e-125  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  37.53 
 
 		 810 aa  450  1e-125  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  37.53 
 
 		 812 aa  449  1e-125  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  40.03 
 
 		 716 aa  449  1e-125  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  37.67 
 
 		 808 aa  449  1e-125  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  37.07 
 
 		 705 aa  451  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  37.53 
 
 		 808 aa  450  1e-125  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  37.53 
 
 		 806 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  37.26 
 
 		 814 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  37.26 
 
 		 806 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  37.53 
 
 		 806 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  37.06 
 
 		 792 aa  442  1e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  39.81 
 
 		 702 aa  436  1e-121  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.48 
 
 		 706 aa  438  1e-121  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  38.75 
 
 		 751 aa  438  1e-121  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  36.14 
 
 		 751 aa  438  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.57 
 
 		 706 aa  432  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  38 
 
 		 718 aa  432  1e-119  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.63 
 
 		 759 aa  428  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  38.17 
 
 		 726 aa  426  1e-118  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  37.97 
 
 		 757 aa  424  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.03 
 
 		 790 aa  425  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.03 
 
 		 790 aa  425  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  36.43 
 
 		 715 aa  424  1e-117  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  37.5 
 
 		 792 aa  422  1e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.78 
 
 		 709 aa  422  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  34.81 
 
 		 763 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  34.08 
 
 		 763 aa  414  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  37.43 
 
 		 770 aa  416  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  40.54 
 
 		 722 aa  414  1e-114  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.59 
 
 		 752 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  37.95 
 
 		 716 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  38.56 
 
 		 863 aa  404  1e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.08 
 
 		 810 aa  396  1e-109  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  36.83 
 
 		 704 aa  394  1e-108  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.7 
 
 		 720 aa  395  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.04 
 
 		 777 aa  393  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.59 
 
 		 737 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.89 
 
 		 737 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  33.56 
 
 		 801 aa  388  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  35.69 
 
 		 903 aa  387  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.45 
 
 		 828 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.87 
 
 		 827 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.87 
 
 		 827 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.87 
 
 		 827 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  37.67 
 
 		 710 aa  381  1e-104  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  37.52 
 
 		 710 aa  380  1e-104  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  34.32 
 
 		 817 aa  382  1e-104  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.58 
 
 		 817 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.58 
 
 		 817 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.76 
 
 		 801 aa  374  1e-102  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.35 
 
 		 870 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.07 
 
 		 766 aa  373  1e-102  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  36.24 
 
 		 705 aa  375  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.76 
 
 		 774 aa  374  1e-102  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.58 
 
 		 886 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.58 
 
 		 812 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.58 
 
 		 838 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.58 
 
 		 896 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.43 
 
 		 895 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.58 
 
 		 838 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.58 
 
 		 838 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.58 
 
 		 896 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  35.63 
 
 		 877 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.78 
 
 		 877 aa  369  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.77 
 
 		 833 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.38 
 
 		 876 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  35.47 
 
 		 907 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  34.44 
 
 		 818 aa  365  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.06 
 
 		 833 aa  365  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  33.99 
 
 		 840 aa  365  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  35.47 
 
 		 906 aa  364  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  33.19 
 
 		 817 aa  363  9e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  35.29 
 
 		 876 aa  362  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.64 
 
 		 1182 aa  361  3e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  32.55 
 
 		 864 aa  360  6e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  32.55 
 
 		 848 aa  359  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.33 
 
 		 818 aa  359  9.999999999999999e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  35.61 
 
 		 813 aa  359  9.999999999999999e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.46 
 
 		 861 aa  358  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  32.43 
 
 		 737 aa  358  1.9999999999999998e-97  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  32.61 
 
 		 804 aa  357  2.9999999999999997e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>