More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1861 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.06 
 
 		 598 aa  736    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.18 
 
 		 564 aa  718    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.44 
 
 		 604 aa  644    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.53 
 
 		 570 aa  735    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  62.37 
 
 		 597 aa  755    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.14 
 
 		 566 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.17 
 
 		 598 aa  713    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  57.53 
 
 		 596 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.61 
 
 		 585 aa  709    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  57.61 
 
 		 585 aa  709    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  82.87 
 
 		 572 aa  1024    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  59.05 
 
 		 596 aa  721    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  57.71 
 
 		 596 aa  699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  88.99 
 
 		 572 aa  1084    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  59.42 
 
 		 600 aa  717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.18 
 
 		 596 aa  711    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.02 
 
 		 566 aa  714    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  55.23 
 
 		 625 aa  700    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  59.25 
 
 		 600 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  59.42 
 
 		 600 aa  717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  55.4 
 
 		 597 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.76 
 
 		 604 aa  674    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.52 
 
 		 596 aa  728    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  59.42 
 
 		 600 aa  717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.71 
 
 		 596 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  59.45 
 
 		 596 aa  720    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  55.4 
 
 		 597 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.69 
 
 		 597 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.04 
 
 		 573 aa  645    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  58.42 
 
 		 570 aa  700    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  59.42 
 
 		 600 aa  717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.97 
 
 		 597 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.02 
 
 		 619 aa  653    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.12 
 
 		 569 aa  717    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  55.4 
 
 		 597 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.7 
 
 		 566 aa  723    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 572 aa  1191    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  60.1 
 
 		 583 aa  717    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  57.46 
 
 		 602 aa  681    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  61.06 
 
 		 597 aa  741    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.9 
 
 		 595 aa  716    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.54 
 
 		 570 aa  745    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.36 
 
 		 605 aa  681    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  56.43 
 
 		 597 aa  672    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  56.43 
 
 		 597 aa  674    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  88.46 
 
 		 572 aa  1078    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  90.03 
 
 		 572 aa  1093    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.66 
 
 		 597 aa  714    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  58.92 
 
 		 570 aa  732    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  56.6 
 
 		 597 aa  675    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  55.4 
 
 		 597 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.68 
 
 		 578 aa  715    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  55.4 
 
 		 597 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.45 
 
 		 618 aa  664    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  85.49 
 
 		 572 aa  1020    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  55.45 
 
 		 618 aa  664    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.87 
 
 		 571 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.42 
 
 		 560 aa  601  1e-170  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.23 
 
 		 546 aa  600  1e-170  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.44 
 
 		 571 aa  591  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.57 
 
 		 585 aa  580  1e-164  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.87 
 
 		 560 aa  570  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.61 
 
 		 559 aa  566  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  51.14 
 
 		 568 aa  566  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  50.26 
 
 		 559 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.74 
 
 		 559 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.86 
 
 		 633 aa  557  1e-157  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000725575  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.21 
 
 		 566 aa  554  1e-156  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.06 
 
 		 563 aa  546  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.97 
 
 		 570 aa  544  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.56 
 
 		 569 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.99 
 
 		 566 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.03 
 
 		 567 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.23 
 
 		 567 aa  535  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.99 
 
 		 567 aa  534  1e-150  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.66 
 
 		 578 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.35 
 
 		 568 aa  512  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  508  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 		 567 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.97 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.97 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.97 
 
 		 577 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  46.09 
 
 		 568 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>