More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1676 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
367 aa  736    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  49.27 
 
 
353 aa  347  2e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  47.92 
 
 
361 aa  316  4e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.07 
 
 
358 aa  295  7e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  29.03 
 
 
353 aa  166  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 
355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.39 
 
 
352 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 
353 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.84 
 
 
354 aa  160  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 
349 aa  156  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 
383 aa  139  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 
353 aa  136  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.39 
 
 
367 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30.92 
 
 
360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 
359 aa  126  7e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 
350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  28.3 
 
 
352 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.7 
 
 
348 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  30.03 
 
 
354 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.61 
 
 
360 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  26.84 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
357 aa  113  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 
397 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.95 
 
 
366 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.05 
 
 
351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.22 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 
351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 
354 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 
366 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  25.81 
 
 
354 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
354 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  28.35 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 
354 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 
364 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
354 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.79 
 
 
382 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.19 
 
 
361 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 
354 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 
376 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25.81 
 
 
354 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.26 
 
 
354 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 
366 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  30.13 
 
 
373 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  29.77 
 
 
405 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 
364 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.8 
 
 
368 aa  106  7e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 
362 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.32 
 
 
365 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 
342 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 
390 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
358 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 
374 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 
359 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
358 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
365 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 
380 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 
368 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 
376 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 
394 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.39 
 
 
381 aa  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 
366 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.69 
 
 
368 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 
405 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 
351 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 
340 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 
383 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 
388 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  23.29 
 
 
368 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  25.55 
 
 
376 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.13 
 
 
370 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  26.39 
 
 
353 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.62 
 
 
367 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 
379 aa  100  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 
426 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
365 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 
355 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 
379 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 
397 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 
392 aa  99.8  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.14 
 
 
375 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 
358 aa  99.4  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 
372 aa  99.4  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  23.1 
 
 
373 aa  99.4  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 
360 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 
360 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  24.56 
 
 
369 aa  98.6  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 
365 aa  98.6  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  26.42 
 
 
397 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
360 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>