More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1648 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  73.32 
 
 		 417 aa  637    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  74.28 
 
 		 416 aa  646    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  73.68 
 
 		 418 aa  637    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 417 aa  852    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  76.33 
 
 		 435 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  65.87 
 
 		 416 aa  588  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  63.46 
 
 		 416 aa  570  1e-161  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  45.39 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  46.34 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  45.41 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  45.15 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  43.52 
 
 		 418 aa  366  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  45.41 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  45.63 
 
 		 434 aa  368  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  44.63 
 
 		 425 aa  362  9e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  43.9 
 
 		 417 aa  361  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  43.69 
 
 		 417 aa  360  3e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  44.01 
 
 		 423 aa  358  8e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  43.1 
 
 		 419 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  44.66 
 
 		 412 aa  354  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  43.99 
 
 		 418 aa  350  4e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  44.2 
 
 		 427 aa  347  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  44.1 
 
 		 427 aa  346  4e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  43.72 
 
 		 427 aa  346  4e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  44.31 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  44.1 
 
 		 429 aa  344  2e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  43.72 
 
 		 422 aa  342  5e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  44.2 
 
 		 417 aa  342  5e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  44.2 
 
 		 417 aa  340  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  43.96 
 
 		 419 aa  341  2e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  44.55 
 
 		 418 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  42.13 
 
 		 416 aa  340  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  42.48 
 
 		 414 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  42.72 
 
 		 414 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  43.48 
 
 		 417 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  45.65 
 
 		 415 aa  337  2.9999999999999997e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  42.72 
 
 		 416 aa  336  3.9999999999999995e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 418 aa  335  7.999999999999999e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  42.48 
 
 		 414 aa  335  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  42.48 
 
 		 414 aa  335  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  45.26 
 
 		 415 aa  334  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  42.27 
 
 		 445 aa  334  2e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  44.55 
 
 		 415 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  43.55 
 
 		 416 aa  333  3e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  40.19 
 
 		 417 aa  332  7.000000000000001e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  44.31 
 
 		 415 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  43.66 
 
 		 417 aa  331  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  44.28 
 
 		 415 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  45.65 
 
 		 415 aa  329  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  43.34 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  42.69 
 
 		 434 aa  327  2.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  41.26 
 
 		 414 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  41.75 
 
 		 414 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  42.86 
 
 		 414 aa  325  6e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  43.8 
 
 		 415 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 415 aa  325  9e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 419 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  42.72 
 
 		 414 aa  323  3e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  40.58 
 
 		 417 aa  323  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  323  5e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  323  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  42.86 
 
 		 415 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  42.23 
 
 		 414 aa  322  8e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  43.2 
 
 		 414 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 414 aa  322  9.000000000000001e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  42.86 
 
 		 415 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 414 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  41.75 
 
 		 422 aa  320  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 445 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  42.62 
 
 		 415 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  43.1 
 
 		 415 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 417 aa  320  3.9999999999999996e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  41.29 
 
 		 423 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  43.1 
 
 		 423 aa  319  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  43.55 
 
 		 432 aa  319  7e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  42.23 
 
 		 414 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  41.29 
 
 		 423 aa  318  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  41.01 
 
 		 443 aa  318  7.999999999999999e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 421 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  42.11 
 
 		 424 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  41.02 
 
 		 414 aa  317  3e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  40.67 
 
 		 418 aa  316  5e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  41.39 
 
 		 451 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  37.56 
 
 		 420 aa  314  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  43.69 
 
 		 418 aa  315  9.999999999999999e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 421 aa  313  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  42.51 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 443 aa  310  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  39.61 
 
 		 420 aa  311  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  41.83 
 
 		 421 aa  311  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  41.46 
 
 		 401 aa  311  2e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  43.13 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  43.13 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  40.43 
 
 		 421 aa  309  6.999999999999999e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  40.34 
 
 		 434 aa  308  9e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>