More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1568 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0916  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  71.01 
 
 
610 aa  927    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.345122 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1267  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  72.39 
 
 
615 aa  944    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0859  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  79.69 
 
 
650 aa  1083    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00177232  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1568  Oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 
641 aa  1330    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00759156  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0808  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  70.94 
 
 
611 aa  922    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.443377  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1192  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  77.41 
 
 
634 aa  1034    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345988  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1200  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  70.78 
 
 
609 aa  924    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.45293 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1620  biotin/lipoyl attachment  51.85 
 
 
609 aa  625  1e-178  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1508  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 2  51.42 
 
 
600 aa  621  1e-176  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0964  biotin/lipoyl attachment  50.71 
 
 
602 aa  615  1e-175  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0659271  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1197  pyruvate carboxylase, subunit B  50 
 
 
592 aa  608  1e-173  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.278458  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0063  Pyruvate carboxylase  50.39 
 
 
603 aa  611  1e-173  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000388454  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0604  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  49.08 
 
 
601 aa  606  9.999999999999999e-173  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1293  biotin/lipoyl attachment  48.09 
 
 
613 aa  594  1e-168  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.352378  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1011  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit, putative  49.14 
 
 
599 aa  588  1e-167  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0940  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit, putative  49.46 
 
 
599 aa  590  1e-167  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0881  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit, putative  48.99 
 
 
599 aa  587  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178794  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1259  pyruvate carboxylase/oxaloacetate decarboxylase beta subunit  50.39 
 
 
603 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.911837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  28.11 
 
 
602 aa  227  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  28.53 
 
 
607 aa  225  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  28.37 
 
 
607 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  28.31 
 
 
602 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  28.31 
 
 
602 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  27.75 
 
 
602 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  27.86 
 
 
602 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  27.6 
 
 
602 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  27.73 
 
 
602 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  27.67 
 
 
609 aa  214  5.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  27.55 
 
 
602 aa  212  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  27.02 
 
 
569 aa  212  2e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  26.67 
 
 
569 aa  211  4e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  27.45 
 
 
602 aa  210  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  26.54 
 
 
568 aa  208  2e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  28.4 
 
 
587 aa  206  1e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  28.06 
 
 
599 aa  206  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  26.77 
 
 
569 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  28.4 
 
 
584 aa  205  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  27.41 
 
 
604 aa  204  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  27.75 
 
 
567 aa  203  9.999999999999999e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  27.9 
 
 
582 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  26.72 
 
 
605 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  26.89 
 
 
615 aa  200  7.999999999999999e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1435  pyruvate carboxylase subunit B  26.86 
 
 
638 aa  195  2e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000897989  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  26.21 
 
 
617 aa  195  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  27.37 
 
 
589 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  27.06 
 
 
589 aa  194  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  26.98 
 
 
590 aa  194  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  26.63 
 
 
577 aa  193  8e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  26.98 
 
 
590 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  26.98 
 
 
590 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  26.19 
 
 
567 aa  192  1e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  27.96 
 
 
599 aa  193  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0631  pyruvate carboxylase subunit B  26.05 
 
 
619 aa  192  2e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0819  oxaloacetate decarboxylase  29.76 
 
 
462 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0796  oxaloacetate decarboxylase  30.17 
 
 
462 aa  191  5e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  27.48 
 
 
599 aa  191  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  26.72 
 
 
571 aa  189  1e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  27.53 
 
 
589 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  26.55 
 
 
573 aa  187  6e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  26.71 
 
 
588 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  25.97 
 
 
624 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  27.37 
 
 
614 aa  182  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  26.53 
 
 
594 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  26.4 
 
 
634 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  26.05 
 
 
616 aa  179  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2034  Methylmalonyl-CoA carboxytransferase  29.39 
 
 
507 aa  176  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00118828  decreased coverage  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  26.27 
 
 
611 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  25.98 
 
 
611 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  26.54 
 
 
604 aa  174  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  26.19 
 
 
611 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  27.15 
 
 
596 aa  174  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  25.76 
 
 
599 aa  168  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  29.55 
 
 
465 aa  167  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  24.92 
 
 
577 aa  167  5e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  26.19 
 
 
592 aa  167  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1755  oxaloacetate decarboxylase  27.85 
 
 
461 aa  167  5.9999999999999996e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  25.19 
 
 
606 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  25.31 
 
 
601 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  24.5 
 
 
579 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  26.81 
 
 
604 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  28.64 
 
 
618 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3508  pyruvate carboxylase subunit B  25.57 
 
 
621 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000543633  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  28.39 
 
 
596 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  24.74 
 
 
608 aa  165  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  26.27 
 
 
602 aa  164  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  28.13 
 
 
596 aa  163  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  27.45 
 
 
598 aa  163  9e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  25.96 
 
 
604 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  28.03 
 
 
475 aa  162  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  26.85 
 
 
499 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  26.85 
 
 
499 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1435  Pyruvate carboxylase  28.32 
 
 
507 aa  161  4e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  25.79 
 
 
607 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  27.62 
 
 
633 aa  160  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  25.34 
 
 
592 aa  158  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  25.15 
 
 
607 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0558  pyruvate carboxylase subunit B  25.58 
 
 
636 aa  157  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0745803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0316  oxaloacetate decarboxylase  26.24 
 
 
501 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  27.89 
 
 
608 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1864  oxaloacetate decarboxylase  26.3 
 
 
458 aa  156  1e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00728685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>